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- PDB-6h4c: A polyamorous repressor: deciphering the evolutionary strategy us... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h4c
タイトルA polyamorous repressor: deciphering the evolutionary strategy used by the phage-inducible chromosomal islands to spread in nature.
要素
  • Orf20
  • dUTPaseDUTP diphosphatase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / SaPI / Repressor (リプレッサー) / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / ヘリックスターンヘリックス / dUTPase-like superfamily / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. ...Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / ヘリックスターンヘリックス / dUTPase-like superfamily / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / dUTP diphosphatase / Orf20
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus phage phi11 (ファージ)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Ciges-Tomas, J.R. / Alite, C. / Bowring, J.Z. / Donderis, J. / Penades, J.R. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 英国, 6件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-78571-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessFPU13/02880 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBES-2014-068617 スペイン
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M003876/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N002873/1 英国
European Research CouncilERC-ADG/2014 670932 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The structure of a polygamous repressor reveals how phage-inducible chromosomal islands spread in nature.
著者: Rafael Ciges-Tomas, J. / Alite, C. / Humphrey, S. / Donderis, J. / Bowring, J. / Salvatella, X. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2018年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dUTPase
B: Orf20
C: dUTPase
D: Orf20
E: dUTPase
F: Orf20
G: dUTPase
H: Orf20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,50022
ポリマ－156,4158
非ポリマー1,08514
水3,477193
1
A: dUTPase
B: Orf20
C: dUTPase
D: Orf20
E: dUTPase
F: Orf20
ヘテロ分子

A: dUTPase
B: Orf20
C: dUTPase
D: Orf20
E: dUTPase
F: Orf20
ヘテロ分子

A: dUTPase
B: Orf20
C: dUTPase
D: Orf20
E: dUTPase
F: Orf20
ヘテロ分子

G: dUTPase
H: Orf20
ヘテロ分子

G: dUTPase
H: Orf20
ヘテロ分子

G: dUTPase
H: Orf20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)472,49966
ポリマ－469,24524
非ポリマー3,25542
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-y,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_355-x+y-2,-x,z1
crystal symmetry operation4_368y-2,x+1,-z+31
crystal symmetry operation5_678x-y+1,-y+2,-z+31
crystal symmetry operation6_448-x-1,-x+y-1,-z+31
Buried area75970 Å2
ΔGint-320 kcal/mol
Surface area146440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.490, 144.490, 149.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-201-

MG

21G-329-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
dUTPase / DUTP diphosphatase


分子量: 20946.338 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage phi11 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SDV3
#2: タンパク質
Orf20


分子量: 18157.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F0J8

-
非ポリマー , 4種, 207分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG 1500 20% Glicerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→95.934 Å / Num. obs: 61269 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 55.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.52-2.599.22.00344930.4770.6962.121100
11.27-64.159.10.0337750.9990.0120.03599.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.52→95.934 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 3122 5.1 %
Rwork0.1968 --
obs0.1992 61260 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.33 Å2 / Biso mean: 61.9532 Å2 / Biso min: 31.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→95.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9072 0 56 193 9321
Biso mean--78.83 53.25 -
残基数----1199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2112628
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9163260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5202-2.55960.34091730.276925912764
2.5596-2.60160.30831220.276426342756
2.6016-2.64640.34261390.277826012740
2.6464-2.69460.34641530.279325952748
2.6946-2.74640.30561580.263626002758
2.7464-2.80250.32531440.252726232767
2.8025-2.86340.24811330.234126142747
2.8634-2.930.3381520.225626252777
2.93-3.00330.29661260.226226222748
3.0033-3.08450.29091470.223726212768
3.0845-3.17530.33751160.223726312747
3.1753-3.27780.26731530.213626262779
3.2778-3.39490.26371320.198926472779
3.3949-3.53090.28911240.207226482772
3.5309-3.69160.26271460.19926242770
3.6916-3.88620.26431490.190426312780
3.8862-4.12970.23751550.172826342789
4.1297-4.44850.21011240.159326752799
4.4485-4.89620.17251600.145826552815
4.8962-5.60460.20911380.178626932831
5.6046-7.06090.24251380.210727092847
7.0609-96.0040.16761400.183228392979

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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