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万見
- PDB-6h3c: Cryo-EM structure of the BRISC complex bound to SHMT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h3c
タイトルCryo-EM structure of the BRISC complex bound to SHMT2
要素
  • (BRISC and BRCA1-A complex member ...) x 2
  • BRISC complex subunit Abraxas 2
  • Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
  • Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrialセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ
キーワードSIGNALING PROTEIN / Deubiquitinase complex (脱ユビキチン化酵素) / DUB / Lysine-63 linkage specific / BRCC36-containing / BRCA1A binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / peroxisome targeting sequence binding / BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / BRCA1-A complex / purine nucleobase biosynthetic process / serine binding / L-serine catabolic process ...: / : / peroxisome targeting sequence binding / BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / BRCA1-A complex / purine nucleobase biosynthetic process / serine binding / L-serine catabolic process / attachment of spindle microtubules to kinetochore / L-serine metabolic process / nuclear ubiquitin ligase complex / glycine metabolic process / L-serine biosynthetic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / Metabolism of folate and pterines / regulation of oxidative phosphorylation / regulation of DNA damage checkpoint / metal-dependent deubiquitinase activity / tetrahydrofolate metabolic process / response to type I interferon / mitotic G2/M transition checkpoint / tumor necrosis factor receptor binding / protein K63-linked deubiquitination / tetrahydrofolate interconversion / K63-linked deubiquitinase activity / regulation of aerobic respiration / response to ionizing radiation / folic acid metabolic process / mitochondrial nucleoid / protein deubiquitination / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / polyubiquitin modification-dependent protein binding / RHOG GTPase cycle / response to X-ray / mitotic spindle assembly / regulation of DNA repair / protein autoubiquitination / enzyme regulator activity / ubiquitin ligase complex / positive regulation of DNA repair / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / chromosome segregation / response to ischemia / cellular response to ionizing radiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / protein tetramerization / mRNA 5'-UTR binding / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / 紡錘体 / metallopeptidase activity / microtubule cytoskeleton / double-strand break repair / pyridoxal phosphate binding / one-carbon metabolic process / mitotic cell cycle / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / Processing of DNA double-strand break ends / microtubule binding / protein homotetramerization / ミトコンドリア内膜 / cysteine-type deubiquitinase activity / 微小管 / nuclear body / ミトコンドリアマトリックス / 細胞分裂 / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / extracellular exosome / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
BRISC and BRCA1-A complex member 1 / FAM175 family, BRISC complex, Abro1 subunit / BRCA1-A complex subunit BRE / Brain and reproductive organ-expressed protein (BRE) / Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / FAM175 family / Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. ...BRISC and BRCA1-A complex member 1 / FAM175 family, BRISC complex, Abro1 subunit / BRCA1-A complex subunit BRE / Brain and reproductive organ-expressed protein (BRE) / Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / FAM175 family / Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial / Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 / BRISC complex subunit Abraxas 2 / BRISC and BRCA1-A complex member 1 / BRISC and BRCA1-A complex member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Bunker, R.D. / Rabl, J. / Thoma, N.H.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of BRCC36 Function in DNA Repair and Immune Regulation.
著者: Julius Rabl / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Simone Cavadini / Mark E Gill / Wassim Abdulrahman / Amparo Andrés-Pons / Martijn S Luijsterburg / Adel F M Ibrahim / Emma Branigan / ...著者: Julius Rabl / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Simone Cavadini / Mark E Gill / Wassim Abdulrahman / Amparo Andrés-Pons / Martijn S Luijsterburg / Adel F M Ibrahim / Emma Branigan / Jacob D Aguirre / Aimee H Marceau / Claire Guérillon / Tewis Bouwmeester / Ulrich Hassiepen / Antoine H F M Peters / Martin Renatus / Laurent Gelman / Seth M Rubin / Niels Mailand / Haico van Attikum / Ronald T Hay / Nicolas H Thomä /
要旨: In mammals, ∼100 deubiquitinases act on ∼20,000 intracellular ubiquitination sites. Deubiquitinases are commonly regarded as constitutively active, with limited regulatory and targeting capacity. ...In mammals, ∼100 deubiquitinases act on ∼20,000 intracellular ubiquitination sites. Deubiquitinases are commonly regarded as constitutively active, with limited regulatory and targeting capacity. The BRCA1-A and BRISC complexes serve in DNA double-strand break repair and immune signaling and contain the lysine-63 linkage-specific BRCC36 subunit that is functionalized by scaffold subunits ABRAXAS and ABRO1, respectively. The molecular basis underlying BRCA1-A and BRISC function is currently unknown. Here we show that in the BRCA1-A complex structure, ABRAXAS integrates the DNA repair protein RAP80 and provides a high-affinity binding site that sequesters the tumor suppressor BRCA1 away from the break site. In the BRISC structure, ABRO1 binds SHMT2α, a metabolic enzyme enabling cancer growth in hypoxic environments, which we find prevents BRCC36 from binding and cleaving ubiquitin chains. Our work explains modularity in the BRCC36 DUB family, with different adaptor subunits conferring diversified targeting and regulatory functions.
履歴
登録2018年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_imaging_optics / struct_conn
Item: _em_imaging_optics.phase_plate / _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ..._em_imaging_optics.phase_plate / _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRISC complex subunit Abraxas 2
B: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
C: BRISC and BRCA1-A complex member 2
D: BRISC and BRCA1-A complex member 1
F: BRISC complex subunit Abraxas 2
G: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
H: BRISC and BRCA1-A complex member 2
I: BRISC and BRCA1-A complex member 1
E: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial
J: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)458,07712
ポリマ－457,94610
非ポリマー1312
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Assembly can be purified by glycerol gradient centrifugation or size exclusion chromatography. Affinity between BRISC and SHMT2 was determined by biolayer interferometry (Kd ~46 nM).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area43420 Å2
ΔGint-322 kcal/mol
Surface area129910 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AFBGEJ

#1: タンパク質 BRISC complex subunit Abraxas 2 / Abraxas brother protein 1 / Protein FAM175B


分子量: 49256.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABRAXAS2, ABRO1, FAM175B, KIAA0157 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15018
#2: タンパク質 Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 / BRCA1-A complex subunit BRCC36 / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3 / BRCA1/BRCA2-containing ...BRCA1-A complex subunit BRCC36 / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 3 / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 36 / BRISC complex subunit BRCC36


分子量: 38417.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRCC3, BRCC36, C6.1A, CXorf53 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P46736, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ
#5: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial / セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / SHMT / Glycine hydroxymethyltransferase / Serine methylase


分子量: 56144.711 Da / 分子数: 2 / Mutation: A264T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHMT2 / プラスミド: p28a-LIC
詳細 (発現宿主): SGC Clone Accession: SHMT2:APC005_8-E02:C16046 (undocumented point mutation A285T (A264T for isoform 3))
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P34897, セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ

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BRISC and BRCA1-A complex member ... , 2種, 4分子 CHDI

#3: タンパク質 BRISC and BRCA1-A complex member 2 / BRCA1-A complex subunit BRE / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 45 / Brain and reproductive ...BRCA1-A complex subunit BRE / BRCA1/BRCA2-containing complex subunit 45 / Brain and reproductive organ-expressed protein


分子量: 45890.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BABAM2, BRCC45, BRE / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NXR7
#4: タンパク質 BRISC and BRCA1-A complex member 1 / Mediator of RAP80 interactions and targeting subunit of 40 kDa / New component of the BRCA1-A complex


分子量: 39263.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BABAM1, C19orf62, MERIT40, NBA1, HSPC142 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NWV8

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非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1BRISC complex bound to SHMT2 alphaCOMPLEX#1-#50MULTIPLE SOURCES
2BRISC complexCOMPLEX#1-#41RECOMBINANT
3SHMT2 alphaCOMPLEX#51RECOMBINANT
分子量値: 0.438 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株プラスミド
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111High FivepFastBac
33Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES1
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.2 mMTCEP1
試料濃度: 0.44 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was purified by gel filtration over a Superose 6 column.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: A 4 ul sample was applied to the grid and a protocol consisting of 30 s pre-blot incubation, 2 s blotting and no post-blot incubation was utilized for vitrification.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 58140 X / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5000 nm / Cs: 0 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1822
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 球面収差補正装置: CEOS Cs-corrector
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 4-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch0.53粒子像選択
2EPU1.1.0.30画像取得CryoFLARE was used for automation of the drift correction, particle picking and CTF determination during data aquisition
4RELION2.1CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
8Rosetta2018.09.60072モデルフィッティング
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
20Rosetta2018.09.60072モデル精密化
21PHENIX1.15-3459モデル精密化
画像処理詳細: Drift correction was performed using Motioncor2. CTF was fitted using GCTF CryoFLARE was used for automation.
CTF補正詳細: CTF was determined using GCTF. CTF was corrected within RELION.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 332598 / 詳細: Particles were auto-picked.
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35595 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 117 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient and
詳細: Initial fitting with done using COOT, Rosetta was used for amino acid sequence threading and flexible fitting. COOT and ISOLDE were used for local rebuilding. Phenix was used for atom ...詳細: Initial fitting with done using COOT, Rosetta was used for amino acid sequence threading and flexible fitting. COOT and ISOLDE were used for local rebuilding. Phenix was used for atom displacement parameter (ADP / B-factor) refinement.
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
16GVW

6gvw

1
25V7I

5v7i

A1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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