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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h0m | ||||||
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タイトル | 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 14 mutant K158A in complex with Nicotinamide Adenine Dinucleotide | ||||||
要素 | 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / mutant hsd cofactor nad complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Estrogen biosynthesis / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid catabolic process / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Badran, M. / Klebe, G. / Heine, A. / Marchais-Oberwinkler, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 14 mutant K158A in complex with Nicotinamide Adenine Dinucleotide 著者: Badran, M. / Klebe, G. / Heine, A. / Merabet, A. / Bertoletti, N. / Marchais-Oberwinkler, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h0m.cif.gz | 162.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h0m.ent.gz | 129.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h0m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5icmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 28271.295 Da / 分子数: 1 / 変異: K158A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutation K158A / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B14, DHRS10, SDR3, SDR47C1, UNQ502/PRO474 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9BPX1, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
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#5: 糖 | ChemComp-BGC / |
-非ポリマー , 4種, 214分子
#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#4: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: PEG 6000 20% W/V HEPES 0.1 M DMSO 5% / PH範囲: 6.5 - 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月3日 |
放射 | モノクロメーター: x-ray / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 76893 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.045 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 27.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.33 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 12249 / CC1/2: 0.921 / Rrim(I) all: 0.547 / Rsym value: 0.495 / Χ2: 59.77 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ICM 解像度: 1.25→46.072 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 10.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→46.072 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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