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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ghj | |||||||||
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タイトル | PepTSt in complex with tripeptide Phe-Ala-Gln | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MFS / POT / peptide transporter | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å | |||||||||
データ登録者 | Martinez Molledo, M. / Quistgaard, E.M. / Loew, C. | |||||||||
資金援助 | 2件
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引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018 タイトル: Tripeptide binding in a proton-dependent oligopeptide transporter. 著者: Martinez Molledo, M. / Quistgaard, E.M. / Low, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ghj.cif.gz | 114.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ghj.ent.gz | 87.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ghj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/6ghj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/6ghj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5oxoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 52782.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) 株: ATCC BAA-250 / LMG 18311 / 遺伝子: dtpT, stu0970 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q5M4H8 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 364.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 7種, 121分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-1PE / | #5: 化合物 | ChemComp-EPE / | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 化合物 | ChemComp-78N / ( #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 0.1-0.3 M HEPES buffer pH 7.5, 250 mM ammonium phosphate monobasic (NH4H2PO4), PEG400 (15-25%) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9143 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9143 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→48.69 Å / Num. obs: 29604 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 40.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 19.44 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.341 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / CC1/2: 0.871 / % possible all: 99.79 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5OXO 解像度: 2.26→48.69 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.69
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→48.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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