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- PDB-6g3z: Sulfolobus sulfataricus 2-keto-3-deoxygluconate (KDG) aldolase co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g3z
タイトルSulfolobus sulfataricus 2-keto-3-deoxygluconate (KDG) aldolase complex with D-KDPG
要素2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
キーワードLYASE (リアーゼ) / 2-keto-3-deoxygluconate aldolase / Sulfolobus sulfataricus / 2-Dehydro-3-deoxy-6-phospho-D-gluconate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-keto 3 deoxy 6 phospho gluconate / 2-プロパノール / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Crennell, S.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Insights into the Substrate Specificity of Archaeal Entner-Doudoroff Aldolases: The Structures of Picrophilus torridus 2-Keto-3-deoxygluconate Aldolase and Sulfolobus solfataricus 2- ...タイトル: Insights into the Substrate Specificity of Archaeal Entner-Doudoroff Aldolases: The Structures of Picrophilus torridus 2-Keto-3-deoxygluconate Aldolase and Sulfolobus solfataricus 2-Keto-3-deoxy-6-phosphogluconate Aldolase in Complex with 2-Keto-3-deoxy-6-phosphogluconate.
著者: Zaitsev, V. / Johnsen, U. / Reher, M. / Ortjohann, M. / Taylor, G.L. / Danson, M.J. / Schonheit, P. / Crennell, S.J.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,24211
ポリマ－66,3052
非ポリマー9379
水1,40578
1
A: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,48322
ポリマ－132,6094
非ポリマー1,87418
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area13430 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area41580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.865, 106.865, 245.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase


分子量: 33152.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O54288, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-ELE / 2-keto 3 deoxy 6 phospho gluconate / 2-ケト-3-デオキシ-6-ホスホグルコン酸


分子量: 258.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O9P
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 11% PEG 4000, 8% isopropanol, 0.1M HEPES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→92.548 Å / Num. obs: 35510 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 75.8 % / Biso Wilson estimate: 60.22 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 79.1 % / Rmerge(I) obs: 2.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3406 / CC1/2: 0.979 / Rpim(I) all: 0.392 / Rrim(I) all: 2.541 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W37

1w37


解像度: 2.35→52.212 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 1686 4.8 %
Rwork0.1868 --
obs0.1892 35153 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→52.212 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 58 78 4788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0036563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7292962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.41920.50331520.35552675X-RAY DIFFRACTION98
2.4192-2.49720.37371470.3082713X-RAY DIFFRACTION99
2.4972-2.58650.3411280.26612701X-RAY DIFFRACTION98
2.5865-2.690.35721270.23542736X-RAY DIFFRACTION99
2.69-2.81250.2681400.22612757X-RAY DIFFRACTION99
2.8125-2.96070.30491560.22812718X-RAY DIFFRACTION99
2.9607-3.14620.28181280.21342779X-RAY DIFFRACTION99
3.1462-3.38910.27211330.21212771X-RAY DIFFRACTION100
3.3891-3.73010.25391370.18982814X-RAY DIFFRACTION100
3.7301-4.26960.21561410.15662846X-RAY DIFFRACTION100
4.2696-5.37840.14791540.14262875X-RAY DIFFRACTION100
5.3784-52.22440.24241430.183082X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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