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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g0k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Enterococcus faecium D63r Penicillin-Binding protein 5 (PBP5fm) | ||||||
要素 | Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5) | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC (抗生物質) / penicillin-binding / ceftobiprole / Enterococcus faecium / Antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sauvage, E. / El Gachi, M. / Herman, R. / Kerff, F. / Charlier, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of inactivation of Enterococcus faecium penicillin binding protein 5 by ceftobiprole. 著者: Sauvage, E. / El Gachi, M. / Kerff, F. / Herman, R. / Verlaine, O. / Amoroso, A. / Page, M.G.P. / Joris, B. / Charlier, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6g0k.cif.gz | 625.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6g0k.ent.gz | 540.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6g0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/6g0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/6g0k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70743.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Enterococcus faecium (バクテリア) / 株 (発現宿主): D63r / 参照: UniProt: Q47759 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.97 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 詳細: Crystals were grown by the sitting-drop vapor diffusion method. Crystals were grown at 20C by mixing 1microL of PBP5fm (48 mg/ml), 2microL of reservoir (20% PEG8000 (w/v), 0.4 M Li2SO4 and ...詳細: Crystals were grown by the sitting-drop vapor diffusion method. Crystals were grown at 20C by mixing 1microL of PBP5fm (48 mg/ml), 2microL of reservoir (20% PEG8000 (w/v), 0.4 M Li2SO4 and 100 mM Na acetate at pH 4.5) and 0.5 microL of 0.1M ceftobiprole (kind gift of Basilea Pharmaceutica. The crystal was cryoprotected in the same buffer containing 20 % (v/v) glycerol. Crystals were soaked for 5 min in 1 microl of 0.1 M ceftobiprole before cryoprotection. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→47.142 Å / Num. obs: 52908 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7679 / Rpim(I) all: 0.481 / Rrim(I) all: 0.93 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→47.142 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.92
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.142 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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