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- PDB-6flk: Crystal structure of Cep120 C2C domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6flk
タイトルCrystal structure of Cep120 C2C domain
要素Cep120
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Centriole (中心小体) / microtubule (微小管) / Cep120 / C2 domain (C2ドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of centriole elongation / positive regulation of establishment of protein localization / interkinetic nuclear migration / positive regulation of centrosome duplication / astral microtubule organization / positive regulation of cilium assembly / centrosome cycle / 中心小体 / 神経発生 / cerebral cortex development ...positive regulation of centriole elongation / positive regulation of establishment of protein localization / interkinetic nuclear migration / positive regulation of centrosome duplication / astral microtubule organization / positive regulation of cilium assembly / centrosome cycle / 中心小体 / 神経発生 / cerebral cortex development / 中心体 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3668 / Centrosomal protein of 120kDa-like / Cep120 protein / C2ドメイン / C2ドメイン / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosomal protein of 120 kDa
類似検索 - 構成要素
生物種homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sharma, A. / Gerard, S.F. / Olieric, N. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Cep120 promotes microtubule formation through a unique tubulin binding C2 domain.
著者: Sharma, A. / Gerard, S.F. / Olieric, N. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2018年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cep120
B: Cep120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0752
ポリマ－37,0752
非ポリマー00
水6,918384
1
A: Cep120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5371
ポリマ－18,5371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cep120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5371
ポリマ－18,5371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.400, 40.954, 69.132
Angle α, β, γ (deg.)102.47, 98.07, 89.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cep120 /


分子量: 18537.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N960
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.03M magnesium chloride hexahydrate; 0.03M calcium chloride dehydrate, 0.1M Tris(Base)/BICINE pH 8.5, 20% v/v Ethylene glycol and 10 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.97 Å / Num. obs: 42539 / % possible obs: 93.83 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 15.125252799 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.0819 / Rrim(I) all: 0.1158 / Net I/σ(I): 6.87
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6926 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 3744 / CC1/2: 0.439 / Rrim(I) all: 0.9794 / % possible all: 83.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2863: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→39.97 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 27.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 3437 4.99 %
Rwork0.1974 --
obs0.1998 42534 75.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 0 384 2868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0222635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.3943588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.307968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.123395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013458
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62190.39671040.31511895X-RAY DIFFRACTION55
1.6219-1.64510.36451110.3142180X-RAY DIFFRACTION63
1.6451-1.66970.3531220.30642386X-RAY DIFFRACTION69
1.6697-1.69570.33241260.29452405X-RAY DIFFRACTION70
1.6957-1.72350.33981380.28032496X-RAY DIFFRACTION73
1.7235-1.75330.32111230.27552494X-RAY DIFFRACTION74
1.7533-1.78510.32261390.28152610X-RAY DIFFRACTION73
1.7851-1.81950.33411360.272546X-RAY DIFFRACTION76
1.8195-1.85660.3311380.26292642X-RAY DIFFRACTION76
1.8566-1.8970.29521320.26252614X-RAY DIFFRACTION76
1.897-1.94110.29481380.22662588X-RAY DIFFRACTION75
1.9411-1.98970.27741340.21232450X-RAY DIFFRACTION72
1.9897-2.04350.26531350.20192537X-RAY DIFFRACTION74
2.0435-2.10360.23761460.19442648X-RAY DIFFRACTION77
2.1036-2.17150.25821470.18282783X-RAY DIFFRACTION80
2.1715-2.24910.21811520.18352858X-RAY DIFFRACTION83
2.2491-2.33910.23191410.17932735X-RAY DIFFRACTION80
2.3391-2.44560.22631430.18292828X-RAY DIFFRACTION81
2.4456-2.57450.27911490.18062751X-RAY DIFFRACTION80
2.5745-2.73570.23011300.18372682X-RAY DIFFRACTION78
2.7357-2.94690.19391420.17032588X-RAY DIFFRACTION75
2.9469-3.24330.2351550.16712864X-RAY DIFFRACTION84
3.2433-3.71240.2111510.15842928X-RAY DIFFRACTION86
3.7124-4.6760.16551500.15332938X-RAY DIFFRACTION85
4.676-39.98270.26861550.22082933X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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