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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6epz | |||||||||
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タイトル | Structure of the periplasmic binding protein MelB (Atu4661) in complex with melibiose from Agrobacterium fabrum C58 | |||||||||
要素 | Periplasmic alpha-galactoside-binding protein | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / protein transporter | |||||||||
機能・相同性 | Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / ペリプラズム / alpha-melibiose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Periplasmic alpha-galactoside-binding protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Rhizobium radiobacter (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Vigouroux, A. / Morera, S. | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018 タイトル: The plant defense signal galactinol is specifically used as a nutrient by the bacterial pathogenAgrobacterium fabrum. 著者: Meyer, T. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Comte, G. / Vial, L. / Lavire, C. / Morera, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6epz.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6epz.ent.gz | 882.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6epz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/6epz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/6epz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ADCB
#1: タンパク質 | 分子量: 76359.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア) 遺伝子: SY94_4618 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZM57 #2: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose / alpha-melibiose |
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-非ポリマー , 6種, 1416分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25% PEG 4000, 0.6 M NaCl, 0.2 M CaCl2 and 0.1 M Mes pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→49 Å / Num. obs: 246319 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 30.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.8 / Rsym value: 0.772 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6EPY 解像度: 1.8→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Blow DPI: 0.106 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.107
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.82 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→48.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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