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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6emw | ||||||
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タイトル | Structure of S.aureus ClpC in complex with MecA | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / AAA+ protein / unfoldase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stress response to cadmium ion / stress response to copper ion / peptidase activity / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11 Å | ||||||
データ登録者 | Carroni, M. / Mogk, A. / Bukau, B. / Franke, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Regulatory coiled-coil domains promote head-to-head assemblies of AAA+ chaperones essential for tunable activity control. 著者: Marta Carroni / Kamila B Franke / Michael Maurer / Jasmin Jäger / Ingo Hantke / Felix Gloge / Daniela Linder / Sebastian Gremer / Kürşad Turgay / Bernd Bukau / Axel Mogk / 要旨: Ring-forming AAA+ chaperones exert ATP-fueled substrate unfolding by threading through a central pore. This activity is potentially harmful requiring mechanisms for tight repression and substrate- ...Ring-forming AAA+ chaperones exert ATP-fueled substrate unfolding by threading through a central pore. This activity is potentially harmful requiring mechanisms for tight repression and substrate-specific activation. The AAA+ chaperone ClpC with the peptidase ClpP forms a bacterial protease essential to virulence and stress resistance. The adaptor MecA activates ClpC by targeting substrates and stimulating ClpC ATPase activity. We show how ClpC is repressed in its ground state by determining ClpC cryo-EM structures with and without MecA. ClpC forms large two-helical assemblies that associate via head-to-head contacts between coiled-coil middle domains (MDs). MecA converts this resting state to an active planar ring structure by binding to MD interaction sites. Loss of ClpC repression in MD mutants causes constitutive activation and severe cellular toxicity. These findings unravel an unexpected regulatory concept executed by coiled-coil MDs to tightly control AAA+ chaperone activity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6emw.cif.gz | 585.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6emw.ent.gz | 305.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6emw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6emw_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6emw_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6emw_validation.xml.gz | 104.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6emw_validation.cif.gz | 179.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP-dependent Clp protease ATP-binding ... , 5種, 30分子 AGMSYkBHNTZlDJPVbnEKQWcoFLRXdp
#1: タンパク質 | 分子量: 9325.732 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: E1951_02375, E1E62_02425, FF957_02715 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V1GG18, UniProt: Q2G0P5*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 25183.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: E1949_02445, E1952_02450, E1E63_02625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P9AXU9, UniProt: Q2G0P5*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 16426.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: clpC, clpC_1, BTN44_10070, C7P97_07760, CSC83_01585, CSC87_01340, EP54_12860, EQ90_07030, ER624_03540, ERS072840_00763, HMPREF3211_01370, M1K003_1986, NCTC10654_00620, NCTC13131_01061, ...遺伝子: clpC, clpC_1, BTN44_10070, C7P97_07760, CSC83_01585, CSC87_01340, EP54_12860, EQ90_07030, ER624_03540, ERS072840_00763, HMPREF3211_01370, M1K003_1986, NCTC10654_00620, NCTC13131_01061, RK64_03235, SAMEA1708674_02933 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8U1E4, UniProt: Q2G0P5*PLUS #5: タンパク質 | 分子量: 19699.514 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 遺伝子: clpC, SAB0475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YSD6 #6: タンパク質 | 分子量: 17446.889 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 遺伝子: clpC, SAB0475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YSD6 |
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-タンパク質 , 2種, 12分子 CIOUamefghij
#3: タンパク質 | 分子量: 6539.123 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: clpC, BN1321_130009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1MEM2, UniProt: Q2G0P5*PLUS #7: タンパク質 | 分子量: 10758.939 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mecA, ERS140147_01863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A077UK83, UniProt: Q2G1U5*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ClpC in complex with MecA from S. aureus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 11 Å |