PDB-6dq3: Streptococcus pyogenes deacetylase PplD in complex with acetate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dq3

タイトル

Streptococcus pyogenes deacetylase PplD in complex with acetate

要素

Polysaccharide deacetylase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Group A Streptococcus (化膿レンサ球菌) / GAS / Lancefield group A carbohydrate /

metalloenzyme (金属タンパク質) /

zinc (亜鉛) / carbohydrate esterase 4 family / imidazolate / imidazolide

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Li, J. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R21AI113253	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30GM110787	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: PplD is a de-N-acetylase of the cell wall linkage unit of streptococcal rhamnopolysaccharides
著者: Rush, J.S. / Parajuli, P. / Ruda, A. / Li, J. / Pohane, A.A. / Zamakhaeva, S. / Rahman, M.M. / Chang, J.C. / Gogos, A. / Kenner, C.W. / Lambeau, G. / Federle, M.J. / Korotkov, K.V. / Widmalm, G. / Korotkova, N.

履歴

登録	2018年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2022年2月9日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dq3.cif.gz	276.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dq3.ent.gz	236.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/6dq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/6dq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1thu-d 5j20-d 3t2s-2 4dj1-d 4mxn-1 6s1d-d 5fgt-d 1o65-2 1j08-2 1w1a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polysaccharide deacetylase

B: Polysaccharide deacetylase

ヘテロ分子

52.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polysaccharide deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Polysaccharide deacetylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.160, 78.430, 138.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Polysaccharide deacetylase 分子量: 25875.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 94-320 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: M5005_Spy0818 / プラスミド: pET-NT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: J7M3C9

-
非ポリマー , 5種, 311分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	THE AUTHORS STATE THAT THE LIGAND IS IMIDAZOLATE, I.E. DEPROTONATED IMIDAZOLE. IN THIS STRUCTURE, ...THE AUTHORS STATE THAT THE LIGAND IS IMIDAZOLATE, I.E. DEPROTONATED IMIDAZOLE. IN THIS STRUCTURE, THE IMIDAZOLATE IS BRIDGING TWO ZN IONS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.23 % / 解説: prism
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M Zn acetate, 0.1M imidazole pH 8.0, 20% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.27 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日
詳細: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1

放射

モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.27 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→39.694 Å / Num. obs: 84146 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.781 % / B_iso Wilson estimate: 33.462 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 13.04

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.78-1.83	3.295	1.126	1.09	6114	0.638	1.346	97.5
1.83-1.88	3.864	0.859	1.61	5990	0.793	0.998	99
1.88-1.93	3.836	0.676	2.05	5949	0.822	0.786	99.2
1.93-1.99	3.76	0.48	2.75	5711	0.903	0.56	99.3
1.99-2.06	3.52	0.337	3.7	5540	0.945	0.399	99.2
2.06-2.13	3.929	0.277	4.81	5410	0.962	0.321	99.6
2.13-2.21	3.921	0.214	5.86	5195	0.979	0.248	99.4
2.21-2.3	3.825	0.169	7.34	5008	0.984	0.197	99.6
2.3-2.4	3.704	0.129	9.24	4777	0.99	0.151	99.4
2.4-2.52	3.695	0.106	10.72	4588	0.992	0.125	99.5
2.52-2.65	3.974	0.099	12.52	4364	0.994	0.114	99.6
2.65-2.81	3.918	0.077	15.55	4155	0.997	0.089	99.6
2.81-3.01	3.779	0.057	19.99	3875	0.997	0.067	99.5
3.01-3.25	3.711	0.041	25.33	3575	0.998	0.048	99.6
3.25-3.56	4.035	0.035	33.37	3348	0.999	0.04	99.8
3.56-3.98	3.903	0.029	38.96	2979	0.999	0.034	100
3.98-4.6	3.571	0.025	41.29	2657	0.999	0.03	99.3
4.6-5.63	4.068	0.024	42.85	2247	0.999	0.028	99.9
5.63-7.96	3.872	0.023	43.37	1719	0.999	0.027	99.9
7.96-39.694	3.902	0.018	53.31	945	0.999	0.021	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	VERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180126	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180126	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
BUCCANEER	1.6.5	モデル構築
PHENIX	dev_3139	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.78→39.694 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 26.4 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Low occupancy Zn ions have not been modeled

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2164	4297	5.11 %
R_work	0.1797	-	-
obs	0.1816	84025	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.87 Å² / B_iso mean: 39.0647 Å² / B_iso min: 21.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→39.694 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3581	0	61	296	3938
B_iso mean	-	-	42.95	38.14	-
残基数	-	-	-	-	453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3690
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.685	5008
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.893	2278
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	664

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.78-1.8003	0.4219	158	0.4269	2524	2682	97
1.8003-1.8215	0.379	138	0.3879	2661	2799	97
1.8215-1.8437	0.4321	147	0.3457	2611	2758	98
1.8437-1.867	0.3443	146	0.3208	2637	2783	99
1.867-1.8916	0.3069	150	0.3129	2643	2793	99
1.8916-1.9175	0.2625	165	0.289	2672	2837	99
1.9175-1.9449	0.2991	122	0.2673	2621	2743	99
1.9449-1.9739	0.3429	126	0.2521	2694	2820	99
1.9739-2.0048	0.2651	171	0.239	2639	2810	99
2.0048-2.0376	0.2655	138	0.2146	2625	2763	99
2.0376-2.0727	0.294	144	0.2155	2650	2794	99
2.0727-2.1104	0.2184	134	0.1993	2720	2854	99
2.1104-2.151	0.2629	156	0.1999	2594	2750	99
2.151-2.1949	0.2323	148	0.2002	2679	2827	99
2.1949-2.2427	0.2156	137	0.1853	2668	2805	99
2.2427-2.2948	0.2611	160	0.1871	2661	2821	100
2.2948-2.3522	0.2404	145	0.1785	2663	2808	99
2.3522-2.4158	0.2289	124	0.1794	2667	2791	99
2.4158-2.4869	0.1825	159	0.1694	2694	2853	100
2.4869-2.5671	0.2195	124	0.1737	2666	2790	100
2.5671-2.6589	0.2452	139	0.1748	2681	2820	100
2.6589-2.7653	0.2477	121	0.1857	2677	2798	100
2.7653-2.8911	0.2468	169	0.1755	2639	2808	100
2.8911-3.0435	0.2119	138	0.1827	2698	2836	99
3.0435-3.2341	0.1773	120	0.1705	2676	2796	99
3.2341-3.4836	0.2033	152	0.1579	2660	2812	100
3.4836-3.834	0.1799	148	0.1518	2692	2840	100
3.834-4.3881	0.1519	121	0.1206	2669	2790	100
4.3881-5.5262	0.1334	130	0.132	2687	2817	100
5.5262-39.7037	0.2061	167	0.1699	2660	2827	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6946	0.9389	-0.1551	5.6342	-3.5169	3.4197	0.054	0.0239	-0.0166	0.3565	0.2351	0.3624	-0.1712	-0.3758	-0.3367	0.4445	0.018	0.1013	0.31	-0.0082	0.3144	-2.5853	-5.5468	88.1009
2	3.5284	-0.5513	0.4826	5.8378	-2.98	2.0065	-0.0868	0.2334	-0.3454	-0.4997	-0.1101	0.2931	0.8617	-0.064	0.21	0.4505	-0.012	0.0408	0.2899	-0.04	0.3122	-1.3211	-11.8674	77.2246
3	0.7467	0.5246	0.1887	2.2101	0.1498	0.6834	-0.1637	0.2354	0.0051	-0.3457	0.1819	-0.3527	-0.1319	0.2026	-0.02	0.3344	-0.008	0.106	0.3228	0.0089	0.2906	8.3065	4.6011	74.2155
4	1.0671	-0.0847	0.588	2.2499	-1.1976	2.104	0.0098	0.1307	-0.0551	-0.2231	0.0783	0.0046	0.2001	0.0065	-0.0964	0.3313	0.0062	0.0623	0.27	-0.0063	0.2773	6.2935	-2.4337	81.8238
5	1.67	0.2245	1.377	4.2029	2.5861	4.776	0.107	0.1626	-0.1243	-0.3232	-0.114	-0.1845	0.2853	0.2935	-0.0124	0.3566	0.0292	0.0802	0.2853	0.0052	0.3184	9.0403	-8.8979	81.265
6	0.3046	0.1336	0.5073	1.1701	-0.2521	1.4412	-0.004	0.0127	-0.0446	-0.0361	-0.0025	-0.1321	0.2599	0.211	-0.023	0.2976	0.0133	0.0562	0.2793	0.0021	0.3056	13.823	-1.6325	94.3746
7	1.7049	-0.7383	-0.9067	3.6319	1.3562	3.1998	-0.0463	-0.0948	-0.0255	0.1412	0.051	-0.3587	-0.1514	0.4928	-0.0063	0.2961	-0.0348	0.0394	0.3063	0.0138	0.3347	18.0962	8.5955	96.8265
8	1.3209	-0.5759	0.8275	1.1607	0.4093	1.4473	-0.0666	0.0754	0.1223	-0.2199	-0.025	-0.1814	-0.1938	0.1172	0.0838	0.3055	-0.0305	0.0584	0.2614	0.0238	0.2946	7.553	11.2776	89.287
9	2.1449	1.692	1.6018	4.1804	1.2056	2.3965	0.0642	0.0311	0.1252	0.1822	-0.0832	0.447	0.242	-0.1873	0.0337	0.317	-0.0213	0.0915	0.2915	-0.005	0.2916	-5.1513	0.6187	81.1451
10	0.4154	0.9941	0.5396	5.6609	4.0249	5.0029	0.0888	-0.105	0.043	0.5222	0.1486	-0.2949	0.1077	0.2619	-0.2881	0.4052	0.0008	-0.013	0.2987	-0.004	0.3121	5.4346	42.9682	89.6962
11	3.6424	-0.8381	-1.0356	3.9215	1.216	7.9851	0.0455	0.0421	0.3909	-0.24	-0.0331	-0.4126	-0.6647	0.3706	0.1264	0.4525	-0.0717	0.0024	0.3029	0.0311	0.3469	5.8695	48.5465	77.8325
12	2.7954	0.6098	-0.9248	2.3678	-1.2456	2.1474	0.0657	0.2996	0.0001	-0.2542	0.0454	0.2739	0.2573	-0.1203	-0.09	0.374	0.0256	-0.0462	0.295	0.0048	0.2751	-2.3398	31.663	73.1531
13	1.2686	-0.1082	-0.7762	1.2593	-0.5445	1.4387	0.1032	0.1225	0.0486	-0.2088	-0.0139	0.0848	-0.1794	-0.1011	-0.0603	0.3844	0.0183	-0.0204	0.2684	0.0024	0.2696	-3.1601	41.5601	80.3651
14	1.053	0.313	-0.7863	1.8574	-0.0702	1.482	0.0751	0.0711	0.0483	0.092	-0.0446	0.1793	-0.1959	-0.1581	-0.0266	0.3136	0.0247	0.0043	0.3011	-0.0019	0.3019	-11.8104	37.845	91.9391
15	2.0355	-0.8601	0.7773	3.9047	-2.309	4.006	-0.0185	0.0135	-0.0476	0.1815	0.0859	0.4732	0.0829	-0.382	-0.0578	0.2852	-0.0144	0.0318	0.2843	-0.0103	0.311	-16.2807	27.5464	93.4576
16	1.3692	-0.3284	-0.8116	1.3966	-0.4789	1.6529	-0.0143	0.0191	-0.0805	-0.1137	-0.0019	0.0989	0.1647	-0.1006	0.0291	0.3061	-0.0117	-0.0209	0.2554	-0.0107	0.2829	-4.7487	24.9971	88.0943
17	2.5897	2.5501	-1.3242	5.4095	-2.1481	2.3055	0.0236	-0.0677	-0.1712	0.0656	-0.1888	-0.6246	-0.2214	0.2759	0.1307	0.3786	-0.0134	-0.0324	0.2856	0.0037	0.2906	9.3459	35.9491	82.4124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 94 through 123 )	A	94 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 124 through 136 )	A	124 - 136
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 137 through 153 )	A	137 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 176 )	A	154 - 176
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 177 through 192 )	A	177 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 193 through 234 )	A	193 - 234
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 235 through 252 )	A	235 - 252
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 253 through 295 )	A	253 - 295
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 296 through 320 )	A	296 - 320
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 95 through 123 )	B	95 - 123
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 124 through 136 )	B	124 - 136
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 137 through 153 )	B	137 - 153
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 154 through 192 )	B	154 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 193 through 234 )	B	193 - 234
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 235 through 252 )	B	235 - 252
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 253 through 295 )	B	253 - 295
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 296 through 320 )	B	296 - 320

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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