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- PDB-6dfn: Crystal structure of estrogen receptor alpha in complex with rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dfn
タイトルCrystal structure of estrogen receptor alpha in complex with receptor degrader 16aa
要素Estrogen receptorエストロゲン受容体
キーワードNUCLEAR PROTEIN / ERA / antagonist (受容体拮抗薬) / inverse agonist (受容体逆作動薬) / receptor (受容体) / breast cancer / degrader / ligand (リガンド) / estrogen receptor (エストロゲン受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / androgen metabolic process / TFIIB-class transcription factor binding / steroid hormone mediated signaling pathway / mammary gland alveolus development / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / positive regulation of phospholipase C activity / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / TBP-class protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / ESR-mediated signaling / 14-3-3 protein binding / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / cellular response to estradiol stimulus / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / 細胞分化 / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / ユークロマチン / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coactivator binding / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / male gonad development / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / nuclear receptor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチンリモデリング / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G91 / Chem-G9J / NICKEL (II) ION / エストロゲン受容体
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Vinogradova, M. / Liang, J. / Zhang, B. / Ortwine, D.F. / Nettles, K.W. / Nwachukwu, J.C.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2019
タイトル: Unexpected equivalent potency of a constrained chromene enantiomeric pair rationalized by co-crystal structures in complex with estrogen receptor alpha.
著者: Zhang, B. / Kiefer, J.R. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Hartman, S. / Ingalla, E.R. / Kleinheinz, T. / Mody, V. / Nannini, M. / Ortwine, D.F. / Ran, Y. / Sambrone, A. / Sampath, D. / ...著者: Zhang, B. / Kiefer, J.R. / Blake, R.A. / Chang, J.H. / Hartman, S. / Ingalla, E.R. / Kleinheinz, T. / Mody, V. / Nannini, M. / Ortwine, D.F. / Ran, Y. / Sambrone, A. / Sampath, D. / Vinogradova, M. / Zhong, Y. / Nwachukwu, J.C. / Nettles, K.W. / Lai, T. / Liao, J. / Zheng, X. / Chen, H. / Wang, X. / Liang, J.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,06014
ポリマ－127,9214
非ポリマー3,13910
水81145
1
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6068
ポリマ－63,9612
非ポリマー1,6456
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4556
ポリマ－63,9612
非ポリマー1,4944
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.089, 59.134, 94.180
Angle α, β, γ (deg.)86.05, 74.92, 63.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA306 - 54633 - 273
21BB306 - 54633 - 273
12AA308 - 54635 - 273
22CC308 - 54635 - 273
13AA306 - 54633 - 273
23DD306 - 54633 - 273
14BB308 - 54635 - 273
24CC308 - 54635 - 273
15BB306 - 54633 - 273
25DD306 - 54633 - 273
16CC308 - 54635 - 273
26DD308 - 54635 - 273

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Estrogen receptor / エストロゲン受容体 / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 31980.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372

-
非ポリマー , 5種, 55分子

#2: 化合物
ChemComp-G9J / (2S)-3-(3-hydroxyphenyl)-2-(4-iodophenyl)-4-methyl-2H-1-benzopyran-6-ol


分子量: 456.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17IO3
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-G91 / (8S)-8-(4-{2-[3-(fluoromethyl)azetidin-1-yl]ethoxy}phenyl)-1,8-dihydro-2H-[1]benzopyrano[4,3-d][1]benzoxepine-5,11-diol


分子量: 489.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H28FNO5
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.23 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Grid of PEG 3350 vs. MgCl2 with a buffer of Bis-TRIS at pH 6-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.839
11H, H-K, H-L20.161
反射解像度: 2.11→30 Å / Num. obs: 51361 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.191.80.62324830.5290.5760.8510.48190.9
2.19-2.231.80.61824480.4960.5630.8390.48490.7
2.23-2.271.90.51425170.6210.4640.6940.54692.9
2.27-2.321.90.49525220.7070.4490.670.52493.6
2.32-2.371.90.40825670.8010.3670.550.55495
2.37-2.421.90.35425630.8030.320.4790.53494.9
2.42-2.4820.26525910.8960.2390.3580.60695.4
2.48-2.5520.23125760.910.2070.3110.64395.1
2.55-2.6220.1925560.940.1720.2570.67295.3
2.62-2.7120.16325990.9550.1470.220.79495.5
2.71-2.8120.12826270.9740.1150.1720.79596.1
2.81-2.922.10.10726010.9790.0960.1440.89397.1
2.92-3.052.10.08226070.9870.0740.111.03697
3.05-3.212.10.06726180.9920.060.091.08297.4
3.21-3.412.10.05326800.9940.0480.0721.3497.6
3.41-3.672.10.04226060.9960.0390.0581.54496.6
3.67-4.042.10.03825830.9960.0350.0511.89196.3
4.04-4.632.10.03325630.9960.030.0441.94794.5
4.63-5.822.10.03125600.9960.0280.0421.71194.6
5.82-302.10.02924940.9970.0260.041.78692

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2.1→29.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 10.035 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26503 2598 5.1 %RANDOM
Rwork0.2475 ---
obs0.24837 48761 89.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-40.14 Å2-3.73 Å27.61 Å2
2---58.16 Å211.19 Å2
3---18.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→29.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6963 0 195 45 7203
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197340
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.9969941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.906316260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8365894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36424.281278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.893151298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6871533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0294.1133612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0294.1123611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.686.1544494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.686.1554495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0614.2553728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.064.2553728
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6776.3425444
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.85448.8018045
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.85448.8088046
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A131720.08
12B131720.08
21A142140.06
22C142140.06
31A133840.09
32D133840.09
41B131960.07
42C131960.07
51B131820.07
52D131820.07
61C130480.09
62D130480.09
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 43 -
Rwork0.297 672 -
obs--16.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8626-0.0910.36843.7398-0.74132.541-0.04430.09470.12840.01250.0118-0.0573-0.12830.0880.03250.0183-0.0384-0.00730.2486-0.06350.0567-51.8395.582-49.5394
23.10090.6980.51983.3632-0.11782.9785-0.01390.00720.04360.04560.03620.32540.2079-0.1938-0.02230.0369-0.00270.01590.2011-0.04120.0532-62.9095-17.596-48.9882
31.70210.4517-0.21824.2434-0.70222.59220.0022-0.0358-0.113-0.063-0.0193-0.22790.16940.11110.01710.05990.10420.01090.2568-0.04670.101-51.8176-1.2956-94.3371
42.704-0.0393-0.27183.4471-0.35543.5102-0.0061-0.0325-0.0301-0.0783-0.00480.1212-0.052-0.15830.01090.02950.0726-0.01280.1901-0.02660.0086-62.978321.5337-94.8745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A306 - 546
2X-RAY DIFFRACTION2B306 - 546
3X-RAY DIFFRACTION3C308 - 546
4X-RAY DIFFRACTION4D306 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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