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万見
- PDB-6d9k: Ternary RsAgo Complex with Guide RNA and Target DNA Containing A-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d9k
タイトルTernary RsAgo Complex with Guide RNA and Target DNA Containing A-G Non-canonical Pair
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / guide RNA / target DNA / RNA-DNA heteroduplex / non-canonical base pairs and bulges / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clearance of foreign intracellular DNA / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, Y. / Esyunina, D. / Olovnikov, I. / Teplova, M. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Accommodation of Helical Imperfections in Rhodobacter sphaeroides Argonaute Ternary Complexes with Guide RNA and Target DNA.
著者: Liu, Y. / Esyunina, D. / Olovnikov, I. / Teplova, M. / Kulbachinskiy, A. / Aravin, A.A. / Patel, D.J.
履歴
登録2018年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
F: Uncharacterized protein
H: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,80713
ポリマ－204,3456
非ポリマー4627
水6,377354
1
A: Uncharacterized protein
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3746
ポリマ－102,1733
非ポリマー2023
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9480 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area33030 Å2
手法PISA
2
F: Uncharacterized protein
H: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4337
ポリマ－102,1733
非ポリマー2614
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9700 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area33240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.119, 119.130, 118.134
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 6分子 AFCHGJ

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 89038.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17025 / ATH 2.4.3) (バクテリア)
株: ATCC 17025 / ATH 2.4.3 / 遺伝子: Rsph17025_3694 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4WYU7
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3')


分子量: 5772.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量: 7361.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 361分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 40% MPD, 30 mM magnesium acetate, 50 mM sodium cacodylate pH 5.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70 Å / Num. obs: 123233 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.663 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→43.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.362 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.168
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2416 6206 5 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1976 116985 97.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.34 Å2 / Biso mean: 54.031 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å20 Å2-0.41 Å2
2--1.97 Å2-0 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11482 1591 30 354 13457
Biso mean--62.46 51.9 -
残基数----1589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01813535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.85318756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.949327218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.03251510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.14822.566495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.667151797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.55715102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.22089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02114397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023183
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 394 -
Rwork0.309 7744 -
all-8138 -
obs--87.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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