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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d2k | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the FERM domain of mouse FARP2 | ||||||||||||
要素 | FERM, ARHGEF and pleckstrin domain-containing protein 2 | ||||||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / membrane targeting | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of integrin activation / hair cycle process / RAC1 GTPase cycle / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / podosome assembly / neuron remodeling / Rac protein signal transduction / semaphorin-plexin signaling pathway / cytoskeletal protein binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...regulation of integrin activation / hair cycle process / RAC1 GTPase cycle / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / podosome assembly / neuron remodeling / Rac protein signal transduction / semaphorin-plexin signaling pathway / cytoskeletal protein binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / osteoclast differentiation / actin cytoskeleton organization / 細胞骨格 / 細胞接着 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||||||||
データ登録者 | He, X. / Zhang, X. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Structural analyses of FERM domain-mediated membrane localization of FARP1. 著者: Kuo, Y.C. / He, X. / Coleman, A.J. / Chen, Y.J. / Dasari, P. / Liou, J. / Biederer, T. / Zhang, X. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6d2k.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6d2k.ent.gz | 57.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6d2k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d2k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34198.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Farp2, Kiaa0793 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91VS8 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate, 12 % PEG 3350 (w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→36.38 Å / Num. obs: 37895 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 34.02 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HE7 解像度: 1.55→36.38 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 22.13
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 60.297 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→36.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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