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- PDB-6csp: Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6csp
タイトルCrystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 in complex with cyclohexenylhydroxamate
要素Hdac6 protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Zinc hydrolase / tubulin deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Aggrephagy / : / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding ...: / Aggrephagy / : / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / 血管新生 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain ...Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-hydroxycyclohex-1-ene-1-carboxamide / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hdac6 protein / HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.237 Å
データ登録者Porter, N.J. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49758 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Entropy as a Driver of Selectivity for Inhibitor Binding to Histone Deacetylase 6.
著者: Porter, N.J. / Wagner, F.F. / Christianson, D.W.
履歴
登録2018年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hdac6 protein
B: Hdac6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,75437
ポリマ－80,5712
非ポリマー2,18335
水16,520917
1
A: Hdac6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,29718
ポリマ－40,2851
非ポリマー1,01217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area13250 Å2
手法PISA
2
B: Hdac6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,45719
ポリマ－40,2851
非ポリマー1,17118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.700, 91.830, 96.549
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hdac6 protein /


分子量: 40285.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7YT55, UniProt: F8W4B7*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 952分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-FBM / N-hydroxycyclohex-1-ene-1-carboxamide / cyclohexenylhydroxamate


分子量: 141.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium chloride 20% Peg 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→59.08 Å / Num. obs: 188513 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 7.27 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1156727 / Scaling rejects: 73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.24-1.266.20.5935764592840.8710.2570.6483
6.78-59.086.70.048883013210.9920.0210.05326.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.237→48.275 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1533 9414 5 %
Rwork0.1272 178945 -
obs0.1285 188359 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 47.7 Å2 / Biso mean: 11.5608 Å2 / Biso min: 3.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.237→48.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5546 0 289 935 6770
Biso mean--23.27 23.87 -
残基数----714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0548283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.7662241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.237-1.25110.25293200.186858976217100
1.2511-1.26580.22043060.174659296235100
1.2658-1.28120.19263470.169758846231100
1.2812-1.29740.20573220.164858956217100
1.2974-1.31450.20723530.159958676220100
1.3145-1.33250.18823100.16115899620999
1.3325-1.35160.20063050.15785877618299
1.3516-1.37170.20152890.15459486237100
1.3717-1.39320.17763110.143459096220100
1.3932-1.4160.17993030.134459746277100
1.416-1.44040.162970.125359696266100
1.4404-1.46660.15932960.118859186214100
1.4666-1.49480.16192940.115759756269100
1.4948-1.52540.15282850.110359716256100
1.5254-1.55850.13722680.1085960622899
1.5585-1.59480.16143130.1115870618399
1.5948-1.63470.13843200.106159216241100
1.6347-1.67890.13632890.107459876276100
1.6789-1.72830.14442900.111160146304100
1.7283-1.78410.143440.107559136257100
1.7841-1.84780.14393040.108560126316100
1.8478-1.92180.12983410.10975890623199
1.9218-2.00930.14083330.11495959629299
2.0093-2.11520.13643270.110660056332100
2.1152-2.24770.13362880.109960346322100
2.2477-2.42130.13273120.110860156327100
2.4213-2.66490.14483200.121760466366100
2.6649-3.05050.14643290.12986029635899
3.0505-3.8430.14953470.13226067641499
3.843-48.31150.14443510.15286311666299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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