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- PDB-6ccd: The crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv1747 FHA-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ccd
タイトルThe crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv1747 FHA-1
要素ABC transporter ATP-binding/permease protein Rv1747
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / FHA domain / phospho-threonine binding domain / phospho-peptide binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / peptidoglycan-based cell wall / transmembrane transport / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter ATP-binding/permease protein Rv1747
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gay, L.M. / Gee, C.L. / Alber, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM070962-01A1 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Biophysical Characterization of the Tandem FHA Domain Regulatory Module from the Mycobacterium tuberculosis ABC Transporter Rv1747.
著者: Heinkel, F. / Shen, L. / Richard-Greenblatt, M. / Okon, M. / Bui, J.M. / Gee, C.L. / Gay, L.M. / Alber, T. / Av-Gay, Y. / Gsponer, J. / McIntosh, L.P.
履歴
登録2018年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter ATP-binding/permease protein Rv1747
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4253
ポリマ－12,2331
非ポリマー1922
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area5900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.922, 58.922, 68.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter ATP-binding/permease protein Rv1747 / Rv1747 FHA-1


分子量: 12232.793 Da / 分子数: 1 / 断片: tandem FHA regulatory module (UNP residues 3-113) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv1747 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O65934
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
解説: single, rod-shaped crystals of approximately 0.4 mm length
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 1:1 18 mg/mL protein (in 50 mM sodium chloride, 25 mM HEPES, 0.5 mM TCEP, pH 7.8), 1.8 M ammonium sulfate, 100 mM citrate buffer, pH 5.5, with 10% silicon, 90% paraffin solution as overlay

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→68.63 Å / Num. obs: 11508 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
9-68.638.20.02469111710.0080.02599.8
1.8-1.844.90.8221.93610.6270.3960.9246.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDS0.47 (08-Jul-2014)データ削減
AimlessVersion 0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.8→51.028 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 21.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 1045 4.88 %
Rwork0.1689 --
obs0.1708 11495 86.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→51.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数770 0 10 100 880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1341136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.975307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005153
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.8950.322870.26491627X-RAY DIFFRACTION48
1.895-2.01380.2711100.21582212X-RAY DIFFRACTION66
2.0138-2.16920.20361540.17113117X-RAY DIFFRACTION93
2.1692-2.38750.19061480.16173358X-RAY DIFFRACTION99
2.3875-2.7330.24291970.16823325X-RAY DIFFRACTION100
2.733-3.44320.18281860.16033334X-RAY DIFFRACTION100
3.4432-51.04840.19391630.1613376X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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