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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 6c9k
タイトルSingle-Particle reconstruction of DARP14 - A designed protein scaffold displaying ~17kDa DARPin proteins
構成要素
  • DARP14 - Subunit A with DARPin
  • DARP14 - Subunit B
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Designed Complex (デザイン) / DARPin / Scaffold (足場) / Single-Particle Cryo-EM
機能・相同性5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / Tautomerase/MIF superfamily / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / aromatic compound catabolic process / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
試料の由来synthetic (人工物)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.49 Å 分解能
データ登録者Gonen, S. / Liu, Y. / Yeates, T.O. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2018
タイトル: Near-atomic cryo-EM imaging of a small protein displayed on a designed scaffolding system.
著者: Yuxi Liu / Shane Gonen / Tamir Gonen / Todd O Yeates
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年1月26日 / 公開: 2018年3月21日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02018年3月21日Structure modelrepositoryInitial release
1.12018年4月11日Structure modelData collection / Database referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7437
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DARP14 - Subunit A with DARPin
B: DARP14 - Subunit A with DARPin
C: DARP14 - Subunit A with DARPin
D: DARP14 - Subunit A with DARPin
E: DARP14 - Subunit B
F: DARP14 - Subunit B
G: DARP14 - Subunit B
H: DARP14 - Subunit B
I: DARP14 - Subunit A with DARPin
J: DARP14 - Subunit A with DARPin
K: DARP14 - Subunit A with DARPin
L: DARP14 - Subunit A with DARPin
M: DARP14 - Subunit B
N: DARP14 - Subunit B
O: DARP14 - Subunit B
P: DARP14 - Subunit B
Q: DARP14 - Subunit A with DARPin
R: DARP14 - Subunit A with DARPin
S: DARP14 - Subunit A with DARPin
T: DARP14 - Subunit A with DARPin
U: DARP14 - Subunit B
V: DARP14 - Subunit B
W: DARP14 - Subunit B
X: DARP14 - Subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)592,38324
ポリマ-592,38324
非ポリマ-00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)65260
ΔGint (kcal/M)-343
Surface area (Å2)195920
実験手法PISA

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド
DARP14 - Subunit A with DARPin


分子量: 35018.965 Da / 分子数: 12 / 由来: (組換発現) synthetic (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド
DARP14 - Subunit B


分子量: 14346.274 Da / 分子数: 12
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA1966 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2D8

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent ID由来
1DARP14COMPLEX1,20MULTIPLE SOURCES
2DARP14 - Subunit A with DARPinCOMPLEX11RECOMBINANT
3DARP14 - Subunit BCOMPLEX21RECOMBINANT
由来(天然)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
2132630synthetic construct (人工物)
3232630synthetic construct (人工物)
43208964Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
由来(組換発現)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
21469008Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
32469008Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
43469008Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: T
3次元再構成分解能: 3.49 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 183753 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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