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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c9k | ||||||
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タイトル | Single-Particle reconstruction of DARP14 - A designed protein scaffold displaying ~17kDa DARPin proteins | ||||||
要素 |
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キーワード | DE NOVO PROTEIN / Designed Complex / DARPin / Scaffold / Single-Particle Cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic (人工物) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | ||||||
データ登録者 | Gonen, S. / Liu, Y. / Yeates, T.O. / Gonen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Near-atomic cryo-EM imaging of a small protein displayed on a designed scaffolding system. 著者: Yuxi Liu / Shane Gonen / Tamir Gonen / Todd O Yeates / 要旨: Current single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) techniques can produce images of large protein assemblies and macromolecular complexes at atomic level detail without the need for crystal ...Current single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) techniques can produce images of large protein assemblies and macromolecular complexes at atomic level detail without the need for crystal growth. However, proteins of smaller size, typical of those found throughout the cell, are not presently amenable to detailed structural elucidation by cryo-EM. Here we use protein design to create a modular, symmetrical scaffolding system to make protein molecules of typical size suitable for cryo-EM. Using a rigid continuous alpha helical linker, we connect a small 17-kDa protein (DARPin) to a protein subunit that was designed to self-assemble into a cage with cubic symmetry. We show that the resulting construct is amenable to structural analysis by single-particle cryo-EM, allowing us to identify and solve the structure of the attached small protein at near-atomic detail, ranging from 3.5- to 5-Å resolution. The result demonstrates that proteins considerably smaller than the theoretical limit of 50 kDa for cryo-EM can be visualized clearly when arrayed in a rigid fashion on a symmetric designed protein scaffold. Furthermore, because the amino acid sequence of a DARPin can be chosen to confer tight binding to various other protein or nucleic acid molecules, the system provides a future route for imaging diverse macromolecules, potentially broadening the application of cryo-EM to proteins of typical size in the cell. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c9k.cif.gz | 777.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c9k.ent.gz | 631.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c9k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6c9k_validation.pdf.gz | 916.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6c9k_full_validation.pdf.gz | 918.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6c9k_validation.xml.gz | 105.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6c9k_validation.cif.gz | 170.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c9k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35018.965 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: タンパク質 | 分子量: 14346.274 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA1966 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2D8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: T (正4面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 183753 / 対称性のタイプ: POINT |