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万見
- PDB-6c9c: Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c9c
タイトルCrystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with racemic ligand PT803
要素UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / inhibitor (酵素阻害剤) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / LpxC / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EU1 / Chem-F64 / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of LpxC from Pseudomonas aeruginosa in complex with ligand PT803
著者: Delker, S.L. / Mayclin, S.J. / Phan, J.N. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_SG_project / pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.SG_entry
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0149
ポリマ－33,5621
非ポリマー1,4528
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.660, 79.340, 50.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 33562.125 Da / 分子数: 1
断片: PsaeA.00166.a.DG15,PsaeA.00166.a.DG15,PsaeA.00166.a.DG15,PsaeA.00166.a.DG15
変異: M33V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: lpxC, PA14_57260 / プラスミド: PsaeA.00166.a.DG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q02H34, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

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非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物 ChemComp-EU1 / (2R)-4-[4-{4-[(5-chloro-6-methoxypyridin-3-yl)methoxy]phenyl}-2-oxo-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-N-hydroxy-2-methyl-2-(methylsulfonyl)butanamide


分子量: 538.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28ClN3O7S
#3: 化合物 ChemComp-F64 / (2S)-4-[4-{4-[(5-chloro-6-methoxypyridin-3-yl)methoxy]phenyl}-2-oxo-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-N-hydroxy-2-methyl-2-(methylsulfonyl)butanamide


分子量: 538.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28ClN3O7S
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: tray296747a A10: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 30% (w/v) Propanol, 30% (w/v) PEG 3350 +1mM ZnCl2, 1mM BSI108453 (PT803) : Cryo = 20%EG : PsaeA.00166.a.DG15.PD00471 at 5 mg/ml, puck qcu4-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.638 Å / Num. obs: 18652 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.114 % / Biso Wilson estimate: 21.34 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 11.72 / Num. measured all: 76737 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.053.3870.5632.0210980.7690.66276.8
2.05-2.113.4460.4872.3712500.7960.5789.9
2.11-2.173.9570.4013.1913120.8780.46599.2
2.17-2.244.2480.3593.8812880.8980.4198.6
2.24-2.314.2890.3224.2612370.9180.36899.5
2.31-2.394.2550.265.4712370.9480.29798.6
2.39-2.484.2890.2365.9711580.9420.26999.7
2.48-2.584.2610.26.9711090.9650.22999.3
2.58-2.74.260.1688.0810970.9720.19299.5
2.7-2.834.2680.1489.3910410.9830.16999.7
2.83-2.984.2150.12211.4510020.9870.13999.5
2.98-3.164.2570.09314.499370.9910.10799.8
3.16-3.384.2590.0718.058700.9950.0899.8
3.38-3.654.2210.05422.628190.9970.06299.5
3.65-44.1980.04726.137590.9970.05399.9
4-4.474.1950.03730.966910.9980.04299.7
4.47-5.164.1940.03333.036070.9990.03899.8
5.16-6.324.1730.03830.035200.9980.044100
6.32-8.944.1270.03234.724010.9990.03799.8
8.94-35.6383.8450.02640.432190.9990.0398.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VWM

5vwm


解像度: 2→35.638 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 1907 10.23 %
Rwork0.1623 --
obs0.1675 18648 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2249 0 93 171 2513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.143270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.811433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.127365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.30381160.2159941X-RAY DIFFRACTION76
2.05-2.10540.25971310.211094X-RAY DIFFRACTION89
2.1054-2.16740.26771220.19581202X-RAY DIFFRACTION99
2.1674-2.23730.23021420.18061221X-RAY DIFFRACTION99
2.2373-2.31730.25271400.16861207X-RAY DIFFRACTION100
2.3173-2.410.23551360.16331220X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.51970.22081460.16421202X-RAY DIFFRACTION100
2.5197-2.65250.23621350.17241242X-RAY DIFFRACTION100
2.6525-2.81860.23611570.16681207X-RAY DIFFRACTION99
2.8186-3.03620.21891400.16951223X-RAY DIFFRACTION100
3.0362-3.34150.25181310.15861244X-RAY DIFFRACTION100
3.3415-3.82450.17511500.15211212X-RAY DIFFRACTION100
3.8245-4.81660.15881250.12891254X-RAY DIFFRACTION100
4.8166-35.64370.18851360.16211272X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99850.0779-0.46220.67190.01780.9160.06260.02640.0711-0.0341-0.0069-0.0015-0.0769-0.105-0.05380.17040.0044-0.00760.19190.00930.18089.3362.85634.8267
24.6209-3.9277-0.52798.46070.26853.5524-0.1459-0.3729-0.47820.7421-0.10550.0730.58090.20730.14980.25940.00730.00340.26130.03560.18088.1586-8.673324.5389
31.2168-0.6173-0.37482.25590.90831.0741-0.0046-0.1138-0.00230.17280.0518-0.15580.04250.0367-0.04450.1425-0.0199-0.00280.17360.02390.14629.8639-7.281315.3718
45.24610.83470.84981.4373-1.85078.4621-0.3183-0.1462-0.164-0.3828-0.3296-0.29380.70650.11410.61030.36650.0311-0.00320.2138-0.04590.35518.211522.06621.8168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 147 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 148 through 170 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 171 through 284 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 285 through 299 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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