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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c3h | ||||||
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タイトル | The crystal structure of 4-n-heptylbenzoate-bound CYP199A4 | ||||||
要素 | Cytochrome P450シトクロムP450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / P450 (シトクロムP450) / Substrate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.705 Å | ||||||
データ登録者 | Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of 4-n-heptylbenzoate-bound CYP199A4 著者: Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c3h.cif.gz | 107.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c3h.ent.gz | 76.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c3h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5kdbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42898.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain HaA2) (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-EJV / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: McAc, 0.2M Bis-Tris, 0.1M, pH 5.5 PEG-3350, 26 % w/v PH範囲: 5.25-6.0 / Temp details: 16 C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.705→44.491 Å / Num. obs: 38417 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.705→1.7506 Å / Rmerge(I) obs: 0.777 / Rpim(I) all: 0.482 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5KDB 解像度: 1.705→44.491 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.28
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.33 Å2 / Biso mean: 22.5525 Å2 / Biso min: 11.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.705→44.491 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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