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- PDB-6bx4: The crystal structure of fluoride channel Fluc Ec2 with Monobody S9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bx4
タイトルThe crystal structure of fluoride channel Fluc Ec2 with Monobody S9
要素
  • Fluoride ion transporter CrcB
  • Monobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Fluc / Fluoride channel / monobody
機能・相同性
機能・相同性情報


fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Putative fluoride ion transporter CrcB / CrcB-like protein, Camphor Resistance (CrcB) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フッ化物 / Fluoride-specific ion channel FluC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Turman, D.L. / Miller, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM10723 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Molecular Interactions between a Fluoride Ion Channel and Synthetic Protein Blockers.
著者: Turman, D.L. / Cheloff, A.Z. / Corrado, A.D. / Nathanson, J.T. / Miller, C.
履歴
登録2017年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluoride ion transporter CrcB
B: Fluoride ion transporter CrcB
C: Monobody
D: Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,23311
ポリマ－47,1694
非ポリマー1,0647
水2,180121
1
A: Fluoride ion transporter CrcB
C: Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1286
ポリマ－23,5842
非ポリマー5444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
2
B: Fluoride ion transporter CrcB
D: Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1055
ポリマ－23,5842
非ポリマー5213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.412, 87.412, 144.333
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILELEULEUAA2 - 1241 - 123
21ILEILELEULEUBB2 - 1241 - 123
12SERSERTHRTHRCC1 - 961 - 96
22SERSERTHRTHRDD1 - 961 - 96

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Fluoride ion transporter CrcB


分子量: 13265.860 Da / 分子数: 2 / 変異: R25K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: crcB, A4T40_27000, A8M81_25235, AC789_145pl00540, AKG99_27195, B7C53_24430, BET08_05210, BIU72_24510, BK292_28205, BK334_22235, BK373_23795, BMR46_27175, BMR58_00505, BMR59_25090, BMR61_ ...遺伝子: crcB, A4T40_27000, A8M81_25235, AC789_145pl00540, AKG99_27195, B7C53_24430, BET08_05210, BIU72_24510, BK292_28205, BK334_22235, BK373_23795, BMR46_27175, BMR58_00505, BMR59_25090, BMR61_25795, CDL37_21115, CNQ53_00195, ECONIH1_26550, ECS286_0026, MJ49_27125, pCTXM15_EC8_00123, pO103_22
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6J5N4
#2: タンパク質 Monobody /


分子量: 10318.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Engineered human fibronectin type III domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 1種, 2分子

#4: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 3種, 126分子

#3: 化合物
ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド / フッ化物


分子量: 18.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM ADA-NaOH, 50 mM LiNO3, 31% PEG 600 / PH範囲: 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→87.41 Å / Num. obs: 35318 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 533931 / Scaling rejects: 12832
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.55-2.6615.21.5096559843200.9560.41.5622.1
8.83-87.41150.037132738840.9990.0110.03955.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.26 Å87.41 Å
Translation5.26 Å87.41 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5kbn

5kbn


解像度: 2.55→84.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.2364 / WRfactor Rwork: 0.2091 / FOM work R set: 0.8087 / SU B: 16.929 / SU ML: 0.18 / SU R Cruickshank DPI: 0.2455 / SU Rfree: 0.2075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 1742 4.9 %RANDOM
Rwork0.2218 ---
obs0.223 33468 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.77 Å2 / Biso mean: 73.647 Å2 / Biso min: 47.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.42 Å20 Å20 Å2
2---3.42 Å20 Å2
3---6.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→84.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3330 0 71 121 3522
Biso mean--79.98 66.44 -
残基数----438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.9684778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94737710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2775434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.37322.8100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8915518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.381156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02700
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A78220.05
12B78220.05
21C56800.08
22D56800.08
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 111 -
Rwork0.313 2478 -
all-2589 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.4923-0.41250.96281.6985-0.13111.1975-0.12530.73981.15270.07470.04780.24-0.0970.10670.07760.02770.02390.03550.40360.11480.2296-6.215-36.19-8.684
210.70951.4784-2.89312.2261-0.96822.9429-0.241.642-0.9802-0.22040.1915-0.150.1372-0.13420.04850.03850.03930.03580.6121-0.12890.1811-0.217-47.148-14.257
319.8302-0.1893.11522.7428-0.8272.0256-0.0354-0.22480.4597-0.0026-0.0453-0.2224-0.0951-0.20410.08070.01410.02750.01410.3484-0.02280.054133.286-36.951-8.231
49.22043.9328-5.65294.0954-2.34366.5593-0.02920.5862-0.26130.25330.0268-0.02970.1286-0.23860.00240.06390.02210.00570.1540.04070.1891-35.548-52.6022.699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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