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- PDB-6bws: Crystal structure of Efga from Methylobacterium extorquens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bws
タイトルCrystal structure of Efga from Methylobacterium extorquens
要素Glycolate utilization protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / enhanced formaldehyde growth
機能・相同性Haem-degrading domain / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like / Corrinoid adenosyltransferase PduO/GlcC-like superfamily / Haem degrading protein HbpS-like / Β-ラクタマーゼ / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Glycolate utilization protein
機能・相同性情報
生物種Methylobacterium extorquens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Shamoo, Y. / Davlieva, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Efga from Methylobacterium extorquens
著者: Shamoo, Y. / Davlieva, M.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycolate utilization protein
B: Glycolate utilization protein
C: Glycolate utilization protein
D: Glycolate utilization protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8484
ポリマ－67,8484
非ポリマー00
水9,008500
1
A: Glycolate utilization protein
D: Glycolate utilization protein

B: Glycolate utilization protein
C: Glycolate utilization protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8484
ポリマ－67,8484
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556x,-y,-z+11
Buried area5660 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
2
A: Glycolate utilization protein
B: Glycolate utilization protein
C: Glycolate utilization protein
D: Glycolate utilization protein

A: Glycolate utilization protein
B: Glycolate utilization protein
C: Glycolate utilization protein
D: Glycolate utilization protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,6968
ポリマ－135,6968
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556x,-y,-z+11
Buried area18650 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area33620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.817, 72.000, 105.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-239-

HOH

21D-233-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Glycolate utilization protein


分子量: 16962.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (バクテリア)
遺伝子: BV511_11735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1P8QPB5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.62 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium fluoride, 2.2 m Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 62866 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 15.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.991 / % possible all: 95.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A2L

2a2l


解像度: 1.65→42.47 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 3206 5.11 %
Rwork0.217 --
obs0.219 62752 94.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3890 0 0 500 4390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113943
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0245319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1472325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6479-1.67250.30021410.26412367X-RAY DIFFRACTION87
1.6725-1.69860.27391310.26132624X-RAY DIFFRACTION97
1.6986-1.72650.30221520.24342553X-RAY DIFFRACTION95
1.7265-1.75620.28681380.23142555X-RAY DIFFRACTION95
1.7562-1.78820.27151430.21732598X-RAY DIFFRACTION95
1.7882-1.82260.30191380.22232538X-RAY DIFFRACTION94
1.8226-1.85980.25961390.22912535X-RAY DIFFRACTION94
1.8598-1.90020.27661450.21142578X-RAY DIFFRACTION94
1.9002-1.94440.26161400.20462517X-RAY DIFFRACTION93
1.9444-1.9930.28871390.20872532X-RAY DIFFRACTION93
1.993-2.04690.25061430.19462496X-RAY DIFFRACTION93
2.0469-2.10720.23531250.20692526X-RAY DIFFRACTION92
2.1072-2.17520.25021370.20822499X-RAY DIFFRACTION92
2.1752-2.25290.25561250.20752505X-RAY DIFFRACTION91
2.2529-2.34310.28341210.20372508X-RAY DIFFRACTION91
2.3431-2.44970.24791260.2062499X-RAY DIFFRACTION91
2.4497-2.57890.2621430.21612524X-RAY DIFFRACTION92
2.5789-2.74040.2451440.22212620X-RAY DIFFRACTION95
2.7404-2.9520.23861430.21842669X-RAY DIFFRACTION97
2.952-3.24890.26961500.21472741X-RAY DIFFRACTION99
3.2489-3.71880.22381310.21462793X-RAY DIFFRACTION100
3.7188-4.68440.21111620.19422821X-RAY DIFFRACTION100
4.6844-42.48090.25851500.25322948X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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