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- PDB-6bkw: BTK complex with compound 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bkw
タイトルBTK complex with compound 12
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / BTK / inhibitor (酵素阻害剤) / water structure / kinase (キナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / histamine secretion by mast cell / positive regulation of synoviocyte proliferation ...regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / histamine secretion by mast cell / positive regulation of synoviocyte proliferation / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to interleukin-7 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / B cell activation / negative regulation of B cell proliferation / Fc-epsilon receptor signaling pathway / phospholipase binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / mesoderm development / positive regulation of immunoglobulin production / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / cell maturation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calcium-mediated signaling / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G beta:gamma signalling through BTK / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cellular response to reactive oxygen species / positive regulation of interleukin-6 production / peptidyl-tyrosine phosphorylation / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of tumor necrosis factor production / DAP12 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / G alpha (q) signalling events / protein tyrosine kinase activity / Potential therapeutics for SARS / response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / intracellular signal transduction / 脂質ラフト / protein phosphorylation / 自然免疫系 / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DXM / triphenylphosphane / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Eigenbrot, C. / Yu, C.L.
引用ジャーナル: J. Comput. Aided Mol. Des. / 年: 2019
タイトル: Water molecules in protein-ligand interfaces. Evaluation of software tools and SAR comparison.
著者: Nittinger, E. / Gibbons, P. / Eigenbrot, C. / Davies, D.R. / Maurer, B. / Yu, C.L. / Kiefer, J.R. / Kuglstatter, A. / Murray, J. / Ortwine, D.F. / Tang, Y. / Tsui, V.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1248
ポリマ－33,8791
非ポリマー1,2457
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.765, 108.765, 41.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 33878.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 210分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DXM / N-(3-{5-[(1,5-dimethyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-1-methyl-6-oxo-1,6-dihydropyridazin-3-yl}-2,6-difluorophenyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-2-carboxamide


分子量: 510.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24F2N6O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FPZ / triphenylphosphane / トリフェニルホスフィン / トリフェニルホスフィン


分子量: 262.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15P
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: PEG 10000, Li2SO4, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.499→35 Å / Num. obs: 43469 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 16.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.093 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.531.50.54314280.4490.4930.7360.36663.5
1.53-1.551.70.49716930.4830.4450.670.40674
1.55-1.581.90.44819140.6270.3780.590.41985.5
1.58-1.622.10.38620780.7180.3030.4940.42390.7
1.62-1.652.40.35121580.7820.2560.4370.47396.5
1.65-1.692.90.30822550.8520.2050.3730.48699.3
1.69-1.733.40.2822750.9110.1690.3290.58299.7
1.73-1.784.40.24522430.9470.1290.2780.637100
1.78-1.835.10.20322810.970.0980.2260.699100
1.83-1.895.10.1722740.9770.0810.1880.811100
1.89-1.965.10.14222600.9840.0690.1580.888100
1.96-2.045.10.11422650.9880.0550.1270.997100
2.04-2.1350.09822790.990.0480.111.106100
2.13-2.244.90.08522870.9930.0420.0961.199100
2.24-2.384.90.08122960.9930.040.0911.309100
2.38-2.564.80.07522720.9930.0380.0851.437100
2.56-2.824.60.0722940.9930.0370.081.51399.9
2.82-3.234.10.06423040.9930.0360.0741.80999.7
3.23-4.073.60.05622960.9920.0350.0671.89999.5
4.07-353.50.05223170.9950.0330.0621.87396.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.499→31.289 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1895 2200 5.07 %
Rwork0.1625 --
obs0.1638 43393 95.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.16 Å2 / Biso mean: 25.8452 Å2 / Biso min: 9.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.499→31.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2159 0 133 208 2500
Biso mean--34.64 30.9 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1133173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.688865
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4992-1.53180.314990.26481712181164
1.5318-1.56750.2522940.24922083217778
1.5675-1.60670.25411310.22422390252189
1.6067-1.65010.23981330.20072557269095
1.6501-1.69870.19421430.18272681282499
1.6987-1.75350.18361490.171626862835100
1.7535-1.81610.19161530.157426902843100
1.8161-1.88890.17961300.154727042834100
1.8889-1.97480.20111670.160626642831100
1.9748-2.07890.16941370.149227202857100
2.0789-2.20910.19141410.148826902831100
2.2091-2.37960.18751440.148127122856100
2.3796-2.6190.19171260.153227272853100
2.619-2.99770.17121680.16327002868100
2.9977-3.77580.19851500.156827352885100
3.7758-31.29580.16991350.15982742287798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04340.04550.00760.07090.02990.01840.01940.0731-0.0554-0.0512-0.0289-0.10760.10380.0671-00.169-0.025-0.03360.18640.0120.244654.6208-8.27729.4246
20.19650.2340.04940.26910.06870.07-0.09460.11620.0344-0.08680.1073-0.1703-0.0708-0.00980.00110.1646-0.02920.01510.136-0.01210.223150.5315-14.25493.6723
30.00140.0007-0-0.00270.0013-0.00130.0273-0.01760.096-0.052-0.0487-0.0590.00160.0246-0.00010.1472-0.01340.00230.14030.02250.178946.5854-9.62531.8836
40.1526-0.03330.1740.0047-0.03920.1983-0.0408-0.0628-0.01190.13690.0343-0.1055-0.0078-0.0513-0.00590.1508-0.0176-0.01350.13250.00040.141133.6299-18.748312.8588
50.0536-0.02390.01190.07010.01530.0125-0.01660.05940.0421-0.0968-0.03850.0428-0.1171-0.0966-0.00940.1621-0.0039-0.00180.15430.01290.123327.2139-12.99470.3612
60.34540.20470.08370.28660.14560.45260.01810.1023-0.0404-0.02030.0263-0.1165-0.0465-0.00630.01730.1194-0.01860.00010.1426-0.01170.126636.3921-24.1335-3.1817
70.51130.1766-0.18250.2753-0.12090.6003-0.01790.0857-0.0688-0.0785-0.05720.06520.0557-0.1617-0.13290.1052-0.0127-0.01430.162-0.0150.100922.5095-26.8365-3.4644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 393 through 407 )A393 - 407
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 408 through 451 )A408 - 451
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 452 through 470 )A452 - 470
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 471 through 494 )A471 - 494
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 495 through 515 )A495 - 515
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 516 through 591 )A516 - 591
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 592 through 658 )A592 - 658

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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