PDB-6b6a: Beta-Lactamase, 2secs timepoint, mixed, shards crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b6a

タイトル

Beta-Lactamase, 2secs timepoint, mixed, shards crystal form

要素

Beta-lactamase

Β-ラクタマーゼ

キーワード

HYDROLASE/ANTIBIOTIC /

Beta-Lactamase (Β-ラクタマーゼ) /

ANTIBIOTIC (抗生物質) / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillinase activity / cephalosporinase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process /

beta-lactamase activity /

Β-ラクタマーゼ /

ペリプラズム / response to antibiotic / extracellular region /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー / 解像度: 2.298 Å

データ登録者

Pandey, S. / Schmidt, M.

引用

ジャーナル: BMC Biol. / 年: 2018
タイトル: Enzyme intermediates captured "on the fly" by mix-and-inject serial crystallography.
著者: Olmos, J.L. / Pandey, S. / Martin-Garcia, J.M. / Calvey, G. / Katz, A. / Knoska, J. / Kupitz, C. / Hunter, M.S. / Liang, M. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Wiedorn, M. / Heyman, M. / Holl, M. ...

履歴

登録	2017年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b6a.cif.gz	214.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b6a.ent.gz	181 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/6b6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/6b6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b5xC 6b5yC 6b68C 6b69C 6b6bC 6b6cC 6b6dC 6b6eC 6b6fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ebl-d 6b5x-d 6b68-d 4ebn-d 4ebp-d 6b69-d 6b5y-d 3vfh-d 3vff-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.850, 95.310, 111.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ / Ambler class A beta-lactamase 分子量: 28400.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: blaC, blaA, Rv2068c, MTCY49.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WKD3, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-9F2 / Ceftriaxone / セフトリアキソン分子量: 554.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₈O₇S₃ / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-FZS / (2R)-2-[(1S)-1-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}-2-hydroxyethyl]-5-methylidene-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / Ceftriaxone open, bound form / セフトリアキソン分子量: 399.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇N₅O₅S₂ / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.37 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: Ammonium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 300 K
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 65076 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 329.82 % / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.33 Å / 冗長度: 59 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC_1/2: 0.354 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.298→43.412 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2667	3200	4.92 %
R_work	0.2408	-	-
obs	0.2421	65075	94.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.298→43.412 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7952	0	206	420	8578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.709	11382
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.032	4950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1516

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2982-2.3325	0.3463	108	0.3423	2141	X-RAY DIFFRACTION	75
2.3325-2.3689	0.3806	129	0.3253	2377	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3689-2.4078	0.3414	127	0.3138	2438	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4078-2.4493	0.3357	126	0.2975	2555	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4493-2.4938	0.3524	127	0.2906	2587	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4938-2.5418	0.3566	135	0.2752	2605	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5418-2.5937	0.3053	119	0.2662	2640	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5937-2.6501	0.3128	148	0.2633	2610	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6501-2.7117	0.3166	137	0.2531	2677	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7117-2.7795	0.2862	144	0.2455	2685	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7795-2.8546	0.268	140	0.2588	2691	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8546-2.9386	0.3043	137	0.2528	2721	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9386-3.0334	0.3133	132	0.2436	2764	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0334-3.1418	0.233	116	0.2394	2812	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1418-3.2676	0.3194	132	0.239	2817	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2676-3.4162	0.2439	158	0.2304	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4162-3.5963	0.2323	182	0.2096	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5963-3.8215	0.2365	174	0.2232	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8215-4.1163	0.2489	138	0.2141	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1163-4.5302	0.2349	148	0.2116	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5302-5.1847	0.2499	138	0.2218	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1847-6.5287	0.2749	154	0.2453	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5287-43.4196	0.2121	151	0.2322	2920	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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