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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b5i | |||||||||
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タイトル | ALDH1A2 liganded with 1-(4-cyanophenyl)-N-(3-fluorophenyl)-3-[4-(methylsulfonyl)phenyl]-1H-pyrazole-4-carboxamide (compound CM121) | |||||||||
要素 | Retinal dehydrogenase 2レチナールデヒドロゲナーゼ | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / retinoic acid signaling / male contraception / drug discovery (創薬) / drug development / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 determination of bilateral symmetry / retinoic acid receptor signaling pathway involved in somitogenesis / regulation of vascular endothelial cell proliferation / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / retinoic acid biosynthetic process / レチナールデヒドロゲナーゼ / ureter maturation / embryonic camera-type eye development / morphogenesis of embryonic epithelium ...determination of bilateral symmetry / retinoic acid receptor signaling pathway involved in somitogenesis / regulation of vascular endothelial cell proliferation / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / retinoic acid biosynthetic process / レチナールデヒドロゲナーゼ / ureter maturation / embryonic camera-type eye development / morphogenesis of embryonic epithelium / pituitary gland development / RA biosynthesis pathway / proximal/distal pattern formation / vitamin A metabolic process / neural crest cell development / retinal metabolic process / hindbrain development / embryonic digestive tract development / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / cardiac muscle tissue development / retinal binding / response to vitamin A / 膵臓 / embryonic forelimb morphogenesis / retinal dehydrogenase activity / retinoic acid metabolic process / neural tube development / retinol metabolic process / midgut development / blood vessel development / face development / heart morphogenesis / response to retinoic acid / cellular response to retinoic acid / liver development / kidney development / response to cytokine / lung development / neuron differentiation / response to estradiol / protein homotetramerization / cell population proliferation / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018 タイトル: Structural Basis of ALDH1A2 Inhibition by Irreversible and Reversible Small Molecule Inhibitors. 著者: Chen, Y. / Zhu, J.Y. / Hong, K.H. / Mikles, D.C. / Georg, G.I. / Goldstein, A.S. / Amory, J.K. / Schonbrunn, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b5i.cif.gz | 384.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b5i.ent.gz | 314 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54170.602 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-518 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A2, RALDH2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3) 参照: UniProt: O94788, レチナールデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CU4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 40 mg/mL ALDH1A2, 0.2 M sodium citrate tribasic dehydrate, 25% w/v PEG3350, 1.3 mM CM121, 10% DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→81.535 Å / Num. obs: 59848 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.368 % / Biso Wilson estimate: 36.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 14.62 / Num. measured all: 440966 / Scaling rejects: 103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6ALJ 解像度: 2.6→81.535 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.97 Å2 / Biso mean: 45.2584 Å2 / Biso min: 14.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→81.535 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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