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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6agr | ||||||
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タイトル | Structure of HEWL co-crystallised with phenylethyl alcohol | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HEWL / phenylethyl alcohol | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å | ||||||
データ登録者 | Seyedarabi, A. / Seraj, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019 タイトル: The role of Cinnamaldehyde and Phenyl ethyl alcohol as two types of precipitants affecting protein hydration levels. 著者: Seraj, Z. / Seyedarabi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6agr.cif.gz | 48.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6agr.ent.gz | 31.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6agr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6agr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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-非ポリマー , 6種, 218分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEL / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-ACT / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.78 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→55.52 Å / Num. obs: 34989 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.392 / Num. unique obs: 4996 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DPX 解像度: 1.22→55.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.614 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.22→55.52 Å
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拘束条件 |
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