PDB-6a5k: Crystal structure of Arabidopsis thaliana SUVH6 in complex with S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a5k

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana SUVH6 in complex with SAM, form 1

要素

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH6

ヒストンメチルトランスフェラーゼ

キーワード

GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / SRA / SET /

histone methyltransferase (ヒストンメチルトランスフェラーゼ) /

DNA methylation (DNAメチル化)

機能・相同性

機能・相同性情報

methyl-CpNpG binding / methyl-CpNpN binding / : / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9me2 methyltransferase activity / methyl-CpG binding /

chromosome, centromeric region /

転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの /

methyltransferase activity / zinc ion binding /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Li, X. / Du, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Mechanistic insights into plant SUVH family H3K9 methyltransferases and their binding to context-biased non-CG DNA methylation.
著者: Li, X. / Harris, C.J. / Zhong, Z. / Chen, W. / Liu, R. / Jia, B. / Wang, Z. / Li, S. / Jacobsen, S.E. / Du, J.

履歴

登録	2018年6月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a5k.cif.gz	206.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a5k.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/6a5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/6a5k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a5mC 6a5nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1z05-d 4dxa-d 6uzk-d 2pbd-d 5lax-1 2b2w-d 3qxd-1 6olt-d 5n6m-d 6glz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH6

ヘテロ分子

60.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.113, 122.152, 56.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH6 / ヒストンメチルトランスフェラーゼ / Histone H3-K9 methyltransferase 6 / H3-K9-HMTase 6 / Protein SET DOMAIN GROUP 23 / Suppressor of ...Histone H3-K9 methyltransferase 6 / H3-K9-HMTase 6 / Protein SET DOMAIN GROUP 23 / Suppressor of variegation 3-9 homolog protein 6 / Su(var)3-9 homolog protein 6 分子量: 59437.230 Da / 分子数: 1 / 変異: P777L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SUVH6, SDG23, SET23, At2g22740, T9I22.18 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: Q8VZ17, ヒストンメチルトランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M potassium sodium tartrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.2827 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 42734 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.9 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 41.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2102 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→47.878 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	2098	5.04 %
R_work	0.1841	-	-
obs	0.1856	41533	97.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.878 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3681	0	31	403	4115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.945	5091
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.419	1439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	657

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9232	0.2937	84	0.2456	1834	X-RAY DIFFRACTION	66
1.9232-1.9475	0.3206	102	0.2393	2223	X-RAY DIFFRACTION	80
1.9475-1.9731	0.2635	135	0.2274	2382	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9731-2.0002	0.2187	136	0.2148	2655	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0002-2.0288	0.2584	137	0.2171	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0288-2.059	0.2493	144	0.2054	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.059-2.0912	0.2563	153	0.2019	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1255	0.2234	152	0.1959	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.1621	0.2239	139	0.191	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1621-2.2015	0.1891	170	0.1923	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2015-2.2438	0.2373	146	0.1871	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2438-2.2896	0.2416	134	0.2019	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3394	0.2652	142	0.1899	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3394-2.3938	0.1949	120	0.1938	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4537	0.2718	148	0.1899	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4537-2.52	0.2263	170	0.1778	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.5942	0.2156	167	0.193	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5942-2.6779	0.223	136	0.1762	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-2.7736	0.2073	142	0.1822	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7736-2.8846	0.2172	134	0.1841	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8846-3.0159	0.1912	153	0.1821	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0159-3.1749	0.1906	171	0.1777	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1749-3.3737	0.2087	152	0.1666	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3737-3.6341	0.1818	126	0.1603	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6341-3.9997	0.1826	125	0.1577	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9997-4.578	0.1775	161	0.1499	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.578-5.7663	0.1903	150	0.1857	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7663-47.893	0.2528	147	0.2198	2717	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2795	-0.37	0.6622	1.2366	0.1683	1.724	-0.0912	0.5458	0.2666	-0.2202	-0.041	-0.2082	-0.1311	0.2888	0.1082	0.1949	0.0276	0.0133	0.2372	0.0651	0.1353	38.5493	43.7999	27.8461
2	2.3	-1.0058	0.5404	1.2159	-0.3447	0.9819	0.1144	0.3338	-0.052	-0.2646	-0.1337	0.2635	-0.0434	0.0568	0.0161	0.2219	0.0558	-0.0505	0.1513	-0.0339	0.1885	16.9525	44.2023	25.0745
3	2.1004	-0.9085	0.6797	1.0995	-0.7543	1.3713	0.0577	-0.0368	-0.0323	-0.0534	0.0499	0.1598	-0.1182	-0.1459	0.0226	0.1535	0.0534	-0.0211	0.0954	-0.0308	0.2098	10.4435	50.3725	31.3278
4	2.7319	0.6422	-0.1641	1.0657	-0.1678	1.3837	0.0366	-0.9166	1.0131	0.7758	-0.1815	0.2153	-0.62	-0.5022	0.0313	0.3115	0.2022	0.0067	0.4067	-0.2939	0.2048	26.1103	48.881	63.4149
5	2.7506	-1.2257	-0.242	1.2753	0.2399	0.0597	-0.4006	-0.8109	0.7324	0.6285	0.1555	-0.2065	-0.2975	0.4884	0.441	0.2496	-0.2583	-0.1342	0.172	0.1283	0.4972	56.5932	48.2368	54.497
6	1.3407	-0.0599	0.9304	1.4277	-0.1625	1.3456	-0.1484	-0.0722	0.4188	0.0432	-0.1226	-0.3155	-0.2464	0.1232	0.0377	0.1382	0.0036	-0.0535	0.0736	0.0127	0.184	42.8754	47.1324	47.1443
7	1.704	-0.6784	0.4615	0.942	-0.1634	2.3891	-0.0438	-0.1468	-0.1343	0.0298	-0.0004	-0.0657	0.1425	-0.1076	0.1131	0.1356	-0.0151	-0.0055	0.2123	0.0154	0.1778	44.7581	31.7811	53.7829
8	1.1097	-0.1867	-0.0645	0.9546	-0.4573	0.9295	-0.1559	-0.4101	0.0534	0.1213	-0.0559	-0.2486	-0.2411	-0.0079	0.1154	0.1462	0.019	-0.0346	0.1699	-0.0084	0.0697	40.8729	39.4623	54.421
9	2.0596	0.3711	0.0477	0.7217	-0.2586	1.1178	-0.0305	-0.2839	-0.2286	0.0623	-0.0815	-0.1203	0.0726	-0.0989	0.0243	0.1158	0.0067	0.0163	0.1382	0.0167	0.1097	33.9697	32.074	51.5507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 267 through 317 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 318 through 418 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 419 through 498 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 499 through 537 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 538 through 560 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 561 through 647 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 648 through 705 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 706 through 735 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 736 through 790 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)