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- PDB-6a2d: Crystal structure of a synthase 2 from santalum album in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a2d
タイトルCrystal structure of a synthase 2 from santalum album in complex with ligand1
要素Sesquisabinene B synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / substrate binding / synthase / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6R2 / Sesquisabinene B synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Santalum album (ビャクダン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Han, X. / Ko, T.P. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a synthase 2 from santalum album
著者: Han, X. / Ko, T.P. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
履歴
登録2018年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年9月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / diffrn / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _software.version / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Model completeness
詳細: The overall structure is not changed, we re-refined the structure according to a reviewer of our manuscript referring this structure, we got better bond length and bond angle parameter, and ...詳細: The overall structure is not changed, we re-refined the structure according to a reviewer of our manuscript referring this structure, we got better bond length and bond angle parameter, and deleted some distant waters.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sesquisabinene B synthase 2
B: Sesquisabinene B synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,0318
ポリマ－131,0352
非ポリマー9966
水16,069892
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area43290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)132.527, 132.527, 141.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1470-

HOH

21A-1471-

HOH

31A-1516-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sesquisabinene B synthase 2


分子量: 65517.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Santalum album (ビャクダン) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A0RCB5
#2: 化合物 ChemComp-6R2 / [bis(chloranyl)-[oxidanyl-[(2~{E},6~{E})-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]phosphoryl]methyl]phosphonic acid


分子量: 449.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H28Cl2O6P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 892 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: AMMONIUM TARTRATE, PEG 3350, MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→25 Å / Num. obs: 90982 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 606547
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.96-2.036.80.86689730.7350.360.9390.822
2.03-2.116.80.58989690.860.2450.6390.855
2.11-2.216.80.40990170.9250.170.4440.864
2.21-2.326.80.29789720.9620.1230.3220.864
2.32-2.476.70.21190280.980.0880.2290.855
2.47-2.666.70.15490370.9880.0640.1670.875
2.66-2.936.70.09990750.9950.0410.1080.87
2.93-3.356.70.07291300.9970.030.0781.118
3.35-4.226.50.06192090.9970.0260.0662.187
4.22-256.30.02995720.9990.0120.0310.968

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ONG

2ong


解像度: 1.96→24.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.029 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 4322 4.8 %RANDOM
Rwork0.1796 ---
obs0.1816 86432 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.22 Å2 / Biso mean: 35.231 Å2 / Biso min: 11.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å2-0 Å20 Å2
2--0.64 Å2-0 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→24.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8430 0 56 892 9378
Biso mean--40.84 41.94 -
残基数----1029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0138870
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0178195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.64712016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3781.58419023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.54551046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19422.744481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.674151573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4861551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021921
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 333 -
Rwork0.272 6263 -
all-6596 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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