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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zzu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal periplasmic domain of EcEptC from Escherichia coli- complex with Zn | ||||||
要素 | Phosphoethanolamine transferase EptC | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Phosphoethanolamine transferases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Y.Q. / Cheng, W. / Gu, Y.J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural and mechanistic insights into polymyxin resistance mediated by EptC originating from Escherichia coli 著者: Zhao, Y.Q. / Lai, Y.J. / Zhou, D. / Dou, C. / Gu, Y.J. / Nie, C.L. / Wei, Y.Q. / Cheng, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zzu.cif.gz | 241.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zzu.ent.gz | 192.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zzu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/5zzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/5zzu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5znv S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46005.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eptC, cptA, yijP, b3955, JW3927 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0CB39, 転移酵素; リンを含む基を移すもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.02 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium formate (pH7.5), 20% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→46.83 Å / Num. obs: 56697 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 5.48 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 5219 / CC1/2: 0.887 / Rpim(I) all: 0.196 / Rrim(I) all: 0.472 / % possible all: 90.11 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ZNV 5znv 解像度: 2.1→46.83 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.72
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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