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万見
- PDB-5zxv: Structural definition of a unique neutralization epitope on the r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zxv
タイトルStructural definition of a unique neutralization epitope on the receptor-binding domain of MERS-CoV spike glycoprotein
要素
  • MERS-CoV RBD
  • heavy chain
  • light chain
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERSコロナウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.482 Å
データ登録者Zhang, S. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Definition of a Unique Neutralization Epitope on the Receptor-Binding Domain of MERS-CoV Spike Glycoprotein
著者: Zhang, S. / Zhou, P. / Wang, P. / Li, Y. / Jiang, L. / Jia, W. / Wang, H. / Fan, A. / Wang, D. / Shi, X. / Fang, X. / Hammel, M. / Wang, S. / Wang, X. / Zhang, L.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MERS-CoV RBD
B: MERS-CoV RBD
H: heavy chain
L: light chain
C: heavy chain
D: light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8016
ポリマ－136,8016
非ポリマー00
水0
1
A: MERS-CoV RBD
H: heavy chain
L: light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4003
ポリマ－68,4003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MERS-CoV RBD
C: heavy chain
D: light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4003
ポリマ－68,4003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.647, 138.647, 228.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 MERS-CoV RBD


分子量: 22929.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERSコロナウイルス)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: K9N5Q8*PLUS
#2: 抗体 heavy chain


分子量: 22745.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 light chain /


分子量: 22724.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2%(v/v) tacsimate pH 5.0, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16%(w/v) polyethylene glycol 3,350 and 2M sodium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.482→50 Å / Num. obs: 9351 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 4.5→4.6 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 9351 / CC1/2: 0.541 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L72

4l72


解像度: 4.482→35.438 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 52.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 474 5.07 %
Rwork0.3072 --
obs0.3104 9351 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.482→35.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9488 0 0 0 9488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97513326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2495836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.4921-5.13640.40441730.39362869X-RAY DIFFRACTION88
5.1364-6.45020.39811340.36773004X-RAY DIFFRACTION93
6.4502-23.88340.32121570.26882978X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.7227 Å / Origin y: 91.9355 Å / Origin z: -3.3713 Å
111213212223313233
T2.4933 Å20.1823 Å2-0.092 Å2-2.5291 Å2-0.3317 Å2--2.1425 Å2
L1.7421 °21.1809 °2-0.1946 °2-2.3504 °2-0.2263 °2--1.3357 °2
S0.0536 Å °-0.3159 Å °0.8561 Å °0.1458 Å °0.2548 Å °0.6626 Å °-0.1947 Å °-0.3761 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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