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- PDB-5zwn: Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zwn
タイトルCryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.3 angstrom (Part II: U1 snRNP region)
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...核内低分子リボ核タンパク質) x 6
  • (U1 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 5
  • 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Pre-mRNA-processing factor 39
  • Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28
  • Protein LUC7
  • Protein NAM8
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U1 snRNA
  • U1 snRNP
  • pre-mRNA一次転写産物
キーワードSPLICING / spliceosme / assemply / pre-B complex / U1 snRNP
機能・相同性
機能・相同性情報


first spliceosomal transesterification activity / positive regulation of RNA binding / splicing factor binding / mRNA splice site recognition / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex ...first spliceosomal transesterification activity / positive regulation of RNA binding / splicing factor binding / mRNA splice site recognition / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U4 snRNP / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / pre-mRNA 5'-splice site binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #190 / Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #190 / Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / SH3 type barrels. - #100 / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Sm domain profile. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / LSM domain superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Helicase conserved C-terminal domain / RNA-binding domain superfamily / SH3 type barrels. / helicase superfamily c-terminal domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Protein LUC7 / Small nuclear ribonucleoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bai, R. / Wan, R. / Yan, C. / Lei, J. / Shi, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31430020 中国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501100 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structures of the fully assembled spliceosome before activation.
著者: Rui Bai / Ruixue Wan / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yigong Shi /
要旨: The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 ...The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 and 3.9 angstroms, respectively. In the pre-B complex, the duplex between the 5' splice site (5'SS) and U1 small nuclear RNA (snRNA) is recognized by Yhc1, Luc7, and the Sm ring. In the B complex, U1 small nuclear ribonucleoprotein is dissociated, the 5'-exon-5'SS sequences are translocated near U6 snRNA, and three B-specific proteins may orient the precursor messenger RNA. In both complexes, U6 snRNA is anchored to loop I of U5 snRNA, and the duplex between the branch point sequence and U2 snRNA is recognized by the SF3b complex. Structural analysis reveals the mechanism of assembly and activation for the yeast spliceosome.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.ls_d_res_high / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6973
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: pre-mRNA
P: U1 snRNA
Q: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog
R: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
S: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
T: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
U: Pre-mRNA-processing factor 39
V: Protein NAM8
W: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
a: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
b: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
X: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71
Y: Protein LUC7
x: U1 snRNP
y: Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)802,38323
ポリマ－802,18720
非ポリマー1963
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 GP

#1: RNA鎖 pre-mRNA / 一次転写産物


分子量: 7130.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#2: RNA鎖 U1 snRNA /


分子量: 182114.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 5種, 5分子 QRSTX

#3: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / U1-70K / U1 small nuclear ribonucleoprotein SNP1 / U1 snRNP protein SNP1


分子量: 34506.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q00916
#4: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1C


分子量: 27106.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q05900
#5: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A / Mutant U1 die protein 1


分子量: 34438.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32605
#6: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / U1 snRNP protein PRP42 / 65 kDa snRNP protein / Pre-mRNA-processing factor 42


分子量: 65222.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q03776
#17: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71


分子量: 71383.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P53207

-
タンパク質 , 6種, 6分子 UVWaYy

#7: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 39


分子量: 74834.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P39682
#8: タンパク質 Protein NAM8


分子量: 57010.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q00539
#9: タンパク質 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量: 56575.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q03782
#10: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40018
#18: タンパク質 Protein LUC7


分子量: 30245.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q07508
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28 / Helicase CA8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 66733.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P23394, ヘリカーゼ

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Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 bcdefg

#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q02260
#12: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q06217
#13: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P43321
#14: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q12330
#15: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P54999
#16: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40204

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 4分子 x

#19: タンパク質・ペプチド U1 snRNP


分子量: 3500.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#21: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

配列の詳細Regarding the U1 snRNP (chain x), due to the relative low resolution, authors can not confirm the ...Regarding the U1 snRNP (chain x), due to the relative low resolution, authors can not confirm the sequence and identity.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pre-B spliceosomal complex / タイプ: CELL / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0088 / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 2 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 500657 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 33541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0150.01635242
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0040.0226435
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7621.70450264
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.368361161
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg9.40152956
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.65224.195901
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg18.103153666
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg18.52115112
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1130.25718
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0232112
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0040.027790
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it10.37310.14711917
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other10.36610.14611916
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it17.24915.20814842
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other17.2515.20914843
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it10.7916.80523325
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other10.7916.80523326
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other17.88625.35135423
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined29.387146469
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other29.387146470
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.477 38897 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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