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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ztd | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Val Variant | ||||||
要素 | Pseudoazurin | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Achromobacter cycloclastes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR REPLACEMEN / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Sakai, C. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Val Variant 著者: Sakai, C. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ztd.cif.gz | 183.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ztd.ent.gz | 148 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ztd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/5ztd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/5ztd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bqkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13000.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-152 / 変異: M16V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア) 遺伝子: bcp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19567 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Reservoir: 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 27% PEG1000 Drop: 42mg/mL Met16Val Pseudoazurin, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 13.5% PEG1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K Ambient temp details: Under the cryostream of liquid nitrogen Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.05→52.365 Å / Num. obs: 93957 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 7 % / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.11 / Rsym value: 0.092 / Net I/av σ(I): 4.9 / Net I/σ(I): 11.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.638
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMEN 開始モデル: 1BQK 解像度: 1.05→24.21 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.05→24.21 Å
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