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- PDB-5zcu: Crystal structure of RCAR3:PP2C wild-type with pyrabactin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zcu
タイトルCrystal structure of RCAR3:PP2C wild-type with pyrabactin
要素
  • ABA receptor RCAR3
  • Probable protein phosphatase 2C 50確率
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / Complex / PP2C / ABA receptor / pyrabactin (ピラバクチン) / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / 発芽 / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / response to cold ...negative regulation of protein serine/threonine phosphatase activity / 発芽 / response to water deprivation / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / response to cold / signaling receptor activity / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain ...Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PYV / Abscisic acid receptor PYL3 / Abscisic acid receptor PYL3 / Protein phosphatase 2C 50
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.413 Å
データ登録者Han, S. / Lee, Y. / Lee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Rural Development Agency 韓国
引用ジャーナル: Plant Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural determinants for pyrabactin recognition in ABA receptors in Oryza sativa.
著者: Han, S. / Lee, Y. / Park, E.J. / Min, M.K. / Lee, Y. / Kim, T.H. / Kim, B.G. / Lee, S.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable protein phosphatase 2C 50
B: Probable protein phosphatase 2C 50
C: ABA receptor RCAR3
D: ABA receptor RCAR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,32312
ポリマ－111,2794
非ポリマー1,0448
水2,252125
1
A: Probable protein phosphatase 2C 50
C: ABA receptor RCAR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1616
ポリマ－55,6392
非ポリマー5224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
2
B: Probable protein phosphatase 2C 50
D: ABA receptor RCAR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1616
ポリマ－55,6392
非ポリマー5224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.036, 134.577, 190.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Probable protein phosphatase 2C 50 / 確率 / OsPP2C50


分子量: 35578.594 Da / 分子数: 2 / 変異: E139A/E140A/K142A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: Os05g0537400, LOC_Os05g46040, OJ1741_B01.18, OSJNBa0052K01.2
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6L5H6, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 ABA receptor RCAR3


分子量: 20060.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4N2F7, UniProt: Q6EN42*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 133分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン / ピラバクチン


分子量: 377.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13BrN2O2S / コメント: ホルモン*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium sulfate, sucrose / PH範囲: 4-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月7日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→38.496 Å / Num. obs: 36217 / % possible obs: 93.42 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 24.89 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09655 / Rpim(I) all: 0.04937 / Net I/σ(I): 18.72
反射 シェル解像度: 2.45→2.538 Å / Rmerge(I) obs: 0.5903 / Num. unique obs: 3212 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.2984

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GWP

5gwp


解像度: 2.413→38.496 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 1997 5.56 %
Rwork0.2071 --
obs0.2095 35943 95.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.413→38.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7159 0 58 125 7342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8439928
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0864456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4127-2.47310.30261130.24352094X-RAY DIFFRACTION84
2.4731-2.53990.35531370.27022286X-RAY DIFFRACTION92
2.5399-2.61460.37451430.27572334X-RAY DIFFRACTION94
2.6146-2.6990.32311400.26432380X-RAY DIFFRACTION95
2.699-2.79540.31271310.25272392X-RAY DIFFRACTION96
2.7954-2.90730.33631470.25642415X-RAY DIFFRACTION97
2.9073-3.03960.31211510.2422433X-RAY DIFFRACTION97
3.0396-3.19980.27531450.23852466X-RAY DIFFRACTION97
3.1998-3.40010.27281400.21462489X-RAY DIFFRACTION99
3.4001-3.66250.24281450.19592507X-RAY DIFFRACTION99
3.6625-4.03070.23231380.18072502X-RAY DIFFRACTION99
4.0307-4.61310.17641500.16042511X-RAY DIFFRACTION99
4.6131-5.80880.19381540.17252541X-RAY DIFFRACTION99
5.8088-38.50080.23951630.20712598X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.7217 Å / Origin y: 13.6326 Å / Origin z: 58.3623 Å
111213212223313233
T0.2662 Å20.0037 Å20.0094 Å2-0.1985 Å2-0.0118 Å2--0.2584 Å2
L0.2145 °20.082 °20.0439 °2--0.0462 °2-0.0691 °2--0.3834 °2
S0.009 Å °-0.0206 Å °0.0692 Å °-0.0183 Å °-0.0085 Å °-0.007 Å °-0.1019 Å °0.0343 Å °-0.0025 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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