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万見
- PDB-5zc3: The Crystal Structure of PcRxLR12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zc3
タイトルThe Crystal Structure of PcRxLR12
要素RxLR effector
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT (免疫抑制剤) / RxLR effectors
機能・相同性RxLR effector
機能・相同性情報
生物種Phytophthora capsici (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.005 Å
データ登録者Zhao, L. / Zhang, X. / Zhu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of Chinathe National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the RxLR effector PcRxLR12 from Phytophthora capsici
著者: Zhao, L. / Zhang, X. / Zhang, X. / Song, W. / Li, X. / Feng, R. / Yang, C. / Huang, Z. / Zhu, C.
履歴
登録2018年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RxLR effector
A: RxLR effector


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1102
ポリマ－107,1102
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area43460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.532, 78.308, 179.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RxLR effector


分子量: 53555.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phytophthora capsici (真核生物) / 株: SD33 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A3F2YLV0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 6%(w/v) PEG 6000 and 5%(v/v) -2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47 Å / Num. obs: 19409 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 6.9 % / Num. unique obs: 1622 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.005→47 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 987 5.09 %
Rwork0.2095 --
obs0.2121 19409 97.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.005→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6622 0 0 0 6622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0669113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9582479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061131
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.005-3.16320.3639154248895
3.1632-3.36130.34821300.2545256096
3.3613-3.62070.26141380.2311257997
3.6207-3.98490.34241420.2064260998
3.9849-4.56120.23591390.1796263998
4.5612-5.7450.20311490.19482701100
5.7450.20121350.1898284699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 137.2092 Å / Origin y: 79.698 Å / Origin z: 196.3175 Å
111213212223313233
T0.2815 Å20.0007 Å2-0.0026 Å2-0.2073 Å20.0097 Å2--0.2773 Å2
L0.2671 °20.0296 °2-0.1111 °2-0.0037 °2-0.0373 °2--0.3596 °2
S-0.0053 Å °-0.0534 Å °-0.0433 Å °0.0255 Å °0.0115 Å °-0.0096 Å °0.0996 Å °0.0183 Å °-0.0092 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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