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- PDB-5yvp: Crystal structure of an apo form cyclase Filc1 from Fischerella s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yvp
タイトルCrystal structure of an apo form cyclase Filc1 from Fischerella sp. TAU
要素cyclase A
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / prenyltransferase (プレニル基転移酵素)
機能・相同性12-epi-hapalindole U synthase
機能・相同性情報
生物種Fischerella sp. TAU (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.051 Å
データ登録者Hu, X.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: The Crystal Structure of a Class of Cyclases that Catalyze the Cope Rearrangement
著者: Chen, C.C. / Hu, X. / Tang, X. / Yang, Y. / Ko, T.P. / Gao, J. / Zheng, Y. / Huang, J.W. / Yu, Z. / Li, L. / Han, S. / Cai, N. / Zhang, Y. / Liu, W. / Guo, R.T.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年1月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cyclase A
B: cyclase A
C: cyclase A
D: cyclase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,39714
ポリマ－97,6884
非ポリマー70910
水6,648369
1
A: cyclase A
C: cyclase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1997
ポリマ－48,8442
非ポリマー3555
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
2
B: cyclase A
D: cyclase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1997
ポリマ－48,8442
非ポリマー3555
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.758, 255.893, 34.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-479-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 28 through 225)
21(chain B and resid 28 through 225)
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 28 - 225 / Label seq-ID: 26 - 223

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 28 through 225)AA
2(chain B and resid 28 through 225)BB
3chain CCC
4chain DDD

-
要素

#1: タンパク質
cyclase A / FilC1


分子量: 24422.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fischerella sp. TAU (バクテリア)
遺伝子: filC1 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1P8VSI6
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.99 % / Mosaicity: 0.714 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M Imidazole pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→25 Å / Num. obs: 49655 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 33.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.935 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.124.90.448560.9560.2010.4491.66299.9
2.12-2.214.90.31549180.9690.1570.3531.694100
2.21-2.314.90.2449410.9840.120.2691.796100
2.31-2.434.90.17949180.9890.0890.2011.887100
2.43-2.584.90.13249340.9920.0670.1482.00199.9
2.58-2.784.80.10749890.9940.0540.122.03899.7
2.78-3.064.80.07749570.9940.040.0882.16899.6
3.06-3.550.05750370.9960.0290.0642.09399.1
3.5-4.414.90.05549450.9950.0290.0632.01597.1
4.41-254.90.05251600.9940.0280.0591.98596.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YVK

5yvk


解像度: 2.051→24.242 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 1993 4.03 %
Rwork0.2123 --
obs0.214 49490 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 166.66 Å2 / Biso mean: 42.5092 Å2 / Biso min: 21.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.051→24.242 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6120 0 34 369 6523
Biso mean--64.55 45.13 -
残基数----794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1098586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9063654
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3681X-RAY DIFFRACTION13.062TORSIONAL
12B3681X-RAY DIFFRACTION13.062TORSIONAL
13C3681X-RAY DIFFRACTION13.062TORSIONAL
14D3681X-RAY DIFFRACTION13.062TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0508-2.1020.33921340.25853199333397
2.102-2.15880.32621450.251134123557100
2.1588-2.22230.31141400.245533513491100
2.2223-2.2940.30071420.241233543496100
2.294-2.37590.32341420.248533673509100
2.3759-2.47090.32581430.240834343577100
2.4709-2.58330.31991410.238533493490100
2.5833-2.71930.31251420.24534223564100
2.7193-2.88940.29391440.24063401354599
2.8894-3.11210.28271410.23563414355599
3.1121-3.42450.23671430.21763409355299
3.4245-3.91820.21621430.19533417356098
3.9182-4.92970.1981430.16493375351896
4.9297-24.24380.23361500.19663593374397
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.8275 Å / Origin y: -14.6614 Å / Origin z: -8.4694 Å
111213212223313233
T0.2586 Å20.0116 Å20.0408 Å2-0.294 Å20.0159 Å2--0.275 Å2
L-0.0236 °20.026 °20.0447 °2-1.6087 °20.101 °2--0.0663 °2
S-0.0456 Å °-0.0031 Å °-0.0174 Å °-0.0387 Å °0.036 Å °-0.1131 Å °0.0284 Å °-0.0208 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA27 - 225
2X-RAY DIFFRACTION1allB27 - 225
3X-RAY DIFFRACTION1allC28 - 225
4X-RAY DIFFRACTION1allD28 - 225
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 8
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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