PDB-5y62: YfiR complexed with GMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y62

タイトル

YfiR complexed with GMP

要素

YfiR

キーワード

SIGNALING PROTEIN / YfiR / GMP /

biofilm (バイオフィルム)

機能・相同性

YfiR/HmsC-like / YfiR/HmsC-like /

ペリプラズム / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Negative regulator YfiR

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Zhou, L. / Xu, M. / Jiang, T.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the functional role of GMP in modulating the YfiBNR system
著者: Zhou, L. / Xu, M. / Jiang, T.

履歴

登録	2017年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y62.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y62.ent.gz	52 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y61C 4yn7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bqo-1 1r4r-d 3awg-3 1ne6-d 1drv-d 5bop-1 3v0j-1 1t43-d 4eze-2 3twl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YfiR

B: YfiR

ヘテロ分子

35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.297, 120.297, 88.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	YfiR 分子量: 17335.732 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: yfiR, PA1121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4L4
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes (pH 7.5), 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9779 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49.73 Å / Num. obs: 13528 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.1 % / Net I/σ(I): 22.12
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 667

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHENIX	1.8.2_1309	位相決定
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YN7

4yn7

解像度: 3→49.727 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2524	593	4.76 %
R_work	0.2011	-	-
obs	0.2035	12454	92.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→49.727 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2319	0	24	0	2343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2386
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.26	3231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.549	898
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	423

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0004-3.3022	0.3222	130	0.2437	2295	X-RAY DIFFRACTION	74
3.3022-3.7799	0.2246	153	0.1993	3001	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7799-4.7617	0.2434	163	0.1746	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7617-49.7342	0.2536	147	0.2115	3381	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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