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- PDB-5xmd: Crystal structure of epoxide hydrolase VrEH1 from Vigna radiata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xmd
タイトルCrystal structure of epoxide hydrolase VrEH1 from Vigna radiata
要素Epoxide hydrolase A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Epoxide hydrolase Enantioconvergent
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epoxide hydrolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kong, X.D. / Xu, J.H. / Zhou, J.H.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Carboxyl reductase
著者: Kong, X.D. / Xu, J.H. / Zhou, J.H.
履歴
登録2017年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxide hydrolase A
B: Epoxide hydrolase A
C: Epoxide hydrolase A
D: Epoxide hydrolase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,3674
ポリマ－157,3674
非ポリマー00
水9,782543
1
A: Epoxide hydrolase A

C: Epoxide hydrolase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6832
ポリマ－78,6832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
2
B: Epoxide hydrolase A

D: Epoxide hydrolase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6832
ポリマ－78,6832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_444-x-1,y-1/2,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)101.691, 51.892, 124.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
Epoxide hydrolase A


分子量: 39341.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vigna radiata (リョクトウ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E5L4L1
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE 285 SHOULD BE PRO AND WAS CONFIRMED BY SEQUENCING OF THE ORIGINAL CONSTRUCT. THE CONFLICT ...RESIDUE 285 SHOULD BE PRO AND WAS CONFIRMED BY SEQUENCING OF THE ORIGINAL CONSTRUCT. THE CONFLICT SHOULD BE DUE TO MISTAKE IN SEQUENCE REFERENCE E5L4L1_VIGRA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 % / 解説: plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Hepes pH 6.5-7.0, 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月13日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 82570 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.721

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CJP

2cjp


解像度: 2→41.316 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 4127 5 %
Rwork0.1795 --
obs0.1817 82530 93.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.06 Å2 / Biso mean: 33.2579 Å2 / Biso min: 14.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.316 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9969 0 0 543 10512
Biso mean--0 35.84 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04713986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1423741
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9978-2.02130.31021370.26422495263289
2.0213-2.04590.29671640.25042713287795
2.0459-2.07180.31451430.23462785292895
2.0718-2.09910.27511490.22462656280595
2.0991-2.12780.32921550.22652695285095
2.1278-2.15820.26681380.21152765290394
2.1582-2.19040.27711380.20872664280294
2.1904-2.22470.24931250.22312686281194
2.2247-2.26110.28261390.22042710284993
2.2611-2.30010.30321260.20882662278894
2.3001-2.34190.23111210.20132690281192
2.3419-2.3870.27841410.19482624276592
2.387-2.43570.26331190.19762664278392
2.4357-2.48860.2521360.20122645278191
2.4886-2.54650.24071520.19732601275392
2.5465-2.61020.2981460.18842592273890
2.6102-2.68080.27211470.19772615276291
2.6808-2.75960.23971500.19832581273190
2.7596-2.84870.26521170.20622690280792
2.8487-2.95050.26571480.2142624277292
2.9505-3.06860.23941630.21162688285193
3.0686-3.20820.25441480.1992768291695
3.2082-3.37720.22791410.18812796293796
3.3772-3.58870.2411340.17752669280392
3.5887-3.86560.19591440.15132676282091
3.8656-4.25430.16151590.14462830298997
4.2543-4.86910.14971480.12952895304399
4.8691-6.13130.17021410.15382948308999
6.1313-41.32510.16581580.1492976313497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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