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- PDB-5xl0: met-aquo form of sperm whale myoglobin reconstituted with 7-PF, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xl0
タイトルmet-aquo form of sperm whale myoglobin reconstituted with 7-PF, a heme possesseing CF3 group as side chain
要素Myoglobinミオグロビン
キーワードOXYGEN TRANSPORT (血液) / sperm whale (マッコウクジラ) / myoglobin (ミオグロビン) / Trifluoromethyl Group / fluorinated heme / heme orientational disorder
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ミオグロビン / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
fluorinated heme / ミオグロビン
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Kanai, Y. / Harada, A. / Shibata, T. / Nishimura, R. / Namiki, K. / Watanabe, M. / Nakamura, S. / Yumoto, F. / Senda, T. / Suzuki, A. ...Kanai, Y. / Harada, A. / Shibata, T. / Nishimura, R. / Namiki, K. / Watanabe, M. / Nakamura, S. / Yumoto, F. / Senda, T. / Suzuki, A. / Neya, S. / Yamamoto, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Characterization of Heme Orientational Disorder in a Myoglobin Reconstituted with a Trifluoromethyl-Group-Substituted Heme Cofactor
著者: Kanai, Y. / Harada, A. / Shibata, T. / Nishimura, R. / Namiki, K. / Watanabe, M. / Nakamura, S. / Yumoto, F. / Senda, T. / Suzuki, A. / Neya, S. / Yamamoto, Y.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0125
ポリマ－17,0501
非ポリマー9634
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.261, 30.854, 64.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin / ミオグロビン


分子量: 17049.771 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-152 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-89R / fluorinated heme


分子量: 674.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H33F3FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 2.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris-propane HCl buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月28日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→33.04 Å / Num. obs: 72066 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→30.92 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1733 3572 5.15 %
Rwork0.1626 --
obs0.1632 69408 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→30.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1169 0 61 136 1366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9581849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.303746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.26650.24181360.24172481X-RAY DIFFRACTION97
1.2665-1.28380.20091190.20722548X-RAY DIFFRACTION99
1.2838-1.30210.2508880.19842494X-RAY DIFFRACTION98
1.3021-1.32160.22251600.19872546X-RAY DIFFRACTION99
1.3216-1.34220.22031220.18462620X-RAY DIFFRACTION100
1.3422-1.36420.18141230.17782545X-RAY DIFFRACTION100
1.3642-1.38780.19121400.17732500X-RAY DIFFRACTION99
1.3878-1.4130.17651670.17022533X-RAY DIFFRACTION100
1.413-1.44020.17161330.17082545X-RAY DIFFRACTION99
1.4402-1.46960.19121630.16832471X-RAY DIFFRACTION99
1.4696-1.50150.20941330.1642517X-RAY DIFFRACTION99
1.5015-1.53640.18541460.1562633X-RAY DIFFRACTION99
1.5364-1.57490.16791770.16022439X-RAY DIFFRACTION99
1.5749-1.61740.1791560.14562533X-RAY DIFFRACTION100
1.6174-1.6650.1503970.15252536X-RAY DIFFRACTION99
1.665-1.71880.1793980.15132662X-RAY DIFFRACTION99
1.7188-1.78020.19041350.15842549X-RAY DIFFRACTION99
1.7802-1.85150.209930.15462533X-RAY DIFFRACTION99
1.8515-1.93570.171600.1582521X-RAY DIFFRACTION99
1.9357-2.03780.17621220.15952541X-RAY DIFFRACTION99
2.0378-2.16540.16421560.15592532X-RAY DIFFRACTION99
2.1654-2.33250.15661330.16052486X-RAY DIFFRACTION99
2.3325-2.56720.15221510.16382545X-RAY DIFFRACTION98
2.5672-2.93840.17271500.172486X-RAY DIFFRACTION99
2.9384-3.70110.1551470.14922549X-RAY DIFFRACTION99
3.7011-30.92930.16281670.15262491X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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