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- PDB-5x7p: Crystal structure of Paenibacillus sp. 598K alpha-1,6-glucosyltra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x7p
タイトルCrystal structure of Paenibacillus sp. 598K alpha-1,6-glucosyltransferase complexed with acarbose
要素Glycoside hydrolase family 31 alpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / TRANSFERASE (転移酵素) / glydoside hydrolase family 31 / carbohydrate-binding module family 35 / carbohydrate-binding module family 61
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function DUF5110 / Carbohydrate binding module (family 35) / Domain of unknown function (DUF5110) / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Carbohydrate binding module family 6 ...: / Domain of unknown function DUF5110 / Carbohydrate binding module (family 35) / Domain of unknown function (DUF5110) / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / alpha-acarbose / acarbose-derived trisaccharide / NICKEL (II) ION / Glycoside hydrolase family 31 alpha-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus sp. 598K (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Suzuki, N. / Momma, M. / Ichinose, H. / Kimura, A. / Funane, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
MAFF25001A 日本
引用
ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Carbohydrate-binding architecture of the multi-modular alpha-1,6-glucosyltransferase from Paenibacillus sp. 598K, which produces alpha-1,6-glucosyl-alpha-glucosaccharides from starch
著者: Fujimoto, Z. / Suzuki, N. / Kishine, N. / Ichinose, H. / Momma, M. / Kimura, A. / Funane, K.
#1: ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2017
タイトル: Paenibacillus sp. 598K 6-alpha-glucosyltransferase is essential for cycloisomaltooligosaccharide synthesis from alpha-(1 -> 4)-glucan
著者: Ichinose, H. / Suzuki, R. / Miyazaki, T. / Kimura, K. / Momma, M. / Suzuki, N. / Fujimoto, Z. / Kimura, A. / Funane, K.
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 31 alpha-glucosidase
B: Glycoside hydrolase family 31 alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,86259
ポリマ－275,3682
非ポリマー9,49457
水14,304794
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40320 Å2
ΔGint-363 kcal/mol
Surface area80370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.287, 271.517, 133.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2375-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 31 alpha-glucosidase / alpha-1 / 6-glucosyltransferase / alpha-glucosidase


分子量: 137684.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus sp. 598K (バクテリア)
株: 598K / 遺伝子: 6gt31a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A193PKW5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, alpha-glucosidase

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糖 , 3種, 10分子

#2: 多糖
4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-acarbose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / acarbose-derived trisaccharide


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 阻害剤 / 分子量: 483.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: acarbose-derived trisaccharide
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 7種, 841分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: Thin parallelogram plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 1.5 M magnesium sulfate, 0.1 M MES buffer pH 6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→200 Å / Num. obs: 129967 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 38.773 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Χ2: 1.141 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.938 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 12919 / Χ2: 1.298 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X7O

5x7o


解像度: 2.4→152.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.448 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.242 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23695 6373 5 %RANDOM
Rwork0.18027 ---
obs0.18313 120149 97.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.319 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2---4.63 Å20 Å2
3---3.74 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.327 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→152.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19202 0 516 794 20512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0220235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0217211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.95427675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.996340036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.21552494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38224.159957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.974152799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.68715112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.23010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02122915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8334.249976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8334.2399975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.976.34912467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.976.3512468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1934.49310259
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1934.49310259
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5636.66215208
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.85949.01822435
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.84948.99322375
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 482 -
Rwork0.284 8655 -
obs--95.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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