+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wwt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human NSun6/tRNA | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSFERASE/RNA / RNA modification (RNAエディティング) / m5C methyltransferase / NSun / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA C5-cytosine methylation / tRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / メチル化 / tRNA methylation / tRNA modification / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / tRNA binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.197 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, R.J. / Long, T. / Wang, E.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Structural basis for substrate binding and catalytic mechanism of a human RNA:m5C methyltransferase NSun6 著者: Liu, R.J. / Long, T. / Li, J. / Li, H. / Wang, E.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wwt.cif.gz | 264.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5wwt.ent.gz | 207.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wwt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/5wwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/5wwt | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52905.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSUN6, NOPD1 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: Q8TEA1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: RNA鎖 | 分子量: 24173.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.32 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M SPG, 28% (w/v) PEG 1500, 50 mM NaF |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.197→50 Å / Num. obs: 41488 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 54.59 Å2 / Net I/σ(I): 17.5 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5WWR 解像度: 3.197→42.76 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.22
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 177.53 Å2 / Biso mean: 52.286 Å2 / Biso min: 8.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.197→42.76 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
|