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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wuj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FliF-FliG complex from H. pylori | ||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / flagellar motor (鞭毛) / MS-ring / C-ring (土星の環) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / 走化性 / membrane => GO:0016020 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Au, S.W. / Xue, C. / Lam, K.H. / Lee, S.H. | ||||||
資金援助 | 香港, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018 タイトル: Crystal structure of the FliF-FliG complex from Helicobacter pylori yields insight into the assembly of the motor MS-C ring in the bacterial flagellum 著者: Xue, C. / Lam, K.H. / Zhang, H. / Sun, K. / Lee, S.H. / Chen, X. / Au, S.W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wuj.cif.gz | 72.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wuj.ent.gz | 53.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wuj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/5wuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/5wuj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4502.252 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 523-559 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 株: 26695 / 遺伝子: HP_0351 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: O25118 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11736.369 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 7-111 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 株: 26695 / 遺伝子: fliG 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: O25119 |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20%(v/v) 2-Propanol, 20%(w/v) Polyethylene glycol 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月6日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→45.2 Å / Num. obs: 8475 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 17 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→45.198 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.34
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.18 Å2 / Biso mean: 39.2752 Å2 / Biso min: 15.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→45.198 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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