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- PDB-5wu7: Crystal structure of GH57-type branching enzyme from hyperthermop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wu7
タイトルCrystal structure of GH57-type branching enzyme from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii
要素Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / enzyme (酵素) / amylase (アミラーゼ) / glycogen branching enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-glucan biosynthetic process / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity
類似検索 - 分子機能
1,4-alpha-glucan branching enzyme, C-terminal / Glycoside hydrolase families 57, central domain / 1,4-alpha-glucan branching enzyme MT3115-like / 1,4-alpha-glucan branching enzyme, C-terminal / immunoglobulin/albumin-binding domain-like / Families 57/38 glycoside transferase, middle domain / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N terminal domain / 7-stranded beta/alpha barrel ...1,4-alpha-glucan branching enzyme, C-terminal / Glycoside hydrolase families 57, central domain / 1,4-alpha-glucan branching enzyme MT3115-like / 1,4-alpha-glucan branching enzyme, C-terminal / immunoglobulin/albumin-binding domain-like / Families 57/38 glycoside transferase, middle domain / Glycoside hydrolase family 57, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 57 / Glycoside hydrolase 38, N terminal domain / 7-stranded beta/alpha barrel / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase families 57/38, central domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Na, S. / Jo, I. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the transglycosylase activity of a GH57-type glycogen branching enzyme from Pyrococcus horikoshii.
著者: Na, S. / Park, M. / Jo, I. / Cha, J. / Ha, N.C.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,0614
ポリマ－133,8772
非ポリマー1842
水1,72996
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0312
ポリマ－66,9391
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0312
ポリマ－66,9391
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.857, 42.326, 122.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / 1 / 4-alpha-glucan-branching protein


分子量: 66938.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GOL
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1386 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O50094
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.3
詳細: 20 mM citric acid, 10% (w/v) PEG 3350, 80 mM Bis-Tris propane pH 9.3, 2 mM tris (2-carboxyethyl) phosphine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.521 Å / Num. obs: 44048 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 72.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N8T

3n8t


解像度: 2.31→33.521 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 26.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 2249 5.11 %
Rwork0.1998 --
obs0.2028 44048 79.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→33.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8901 0 12 96 9009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55412401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.4325375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3098-2.36010.37640.24631269X-RAY DIFFRACTION39
2.3601-2.41490.3432840.2481572X-RAY DIFFRACTION49
2.4149-2.47530.3424820.23611720X-RAY DIFFRACTION52
2.4753-2.54220.3172950.23451884X-RAY DIFFRACTION58
2.5422-2.6170.31971130.24332042X-RAY DIFFRACTION63
2.617-2.70140.31851250.24562212X-RAY DIFFRACTION68
2.7014-2.79790.30631610.24472399X-RAY DIFFRACTION74
2.7979-2.90990.31841370.23542665X-RAY DIFFRACTION82
2.9099-3.04230.28981680.22792939X-RAY DIFFRACTION90
3.0423-3.20250.28771960.22023223X-RAY DIFFRACTION99
3.2025-3.4030.26791920.22223207X-RAY DIFFRACTION100
3.403-3.66550.25581230.20133324X-RAY DIFFRACTION100
3.6655-4.03380.25882120.18173254X-RAY DIFFRACTION100
4.0338-4.61620.20871690.16793328X-RAY DIFFRACTION100
4.6162-5.8110.23181570.16943324X-RAY DIFFRACTION99
5.811-33.52410.19651710.17273437X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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