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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wti | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the CRISPR-associated protein in complex with crRNA and DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | Hydrolase/DNA/RNA / CRISPR (CRISPR) / RNA (リボ核酸) / DNA (デオキシリボ核酸) / Hydrolase-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus thermoamylovorans (バクテリア) RNA transcription vector pBRDI1 (転写 (生物学)) Lobariella soredians (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.682 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, D. / Guan, X. / Zhu, Y. / Huang, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017 タイトル: Structural basis of stringent PAM recognition by CRISPR-C2c1 in complex with sgRNA 著者: Wu, D. / Guan, X. / Zhu, Y. / Ren, K. / Huang, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wti.cif.gz | 298.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wti.ent.gz | 237.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wti.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wti | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 EH
#1: DNA鎖 | 分子量: 8782.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lobariella soredians (菌類) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3709.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lobariella soredians (菌類) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 ZB
#3: タンパク質 | 分子量: 130567.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus thermoamylovorans (バクテリア) 遺伝子: B4166_3744, B4167_2499 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D0F5I0 |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 39656.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RNA transcription vector pBRDI1 (転写 (生物学)) 発現宿主: RNA transcription vector pBRDI1 (転写 (生物学)) |
-非ポリマー , 2種, 133分子
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.08 M Strontium chloride hexahydrate, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate, 35% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 86779 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 23.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.682→19.91 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.682→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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