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- PDB-5wj2: Crystal structure of the green fluorescent protein Clover -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wj2
タイトルCrystal structure of the green fluorescent protein Clover
要素Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / clover (シャジクソウ属) / GFP / beta barrel (Βバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


生物発光 / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
緑色蛍光タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.409 Å
データ登録者Liu, C. / Campbell, B.C. / Petsko, G.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of Green Fluorescent Protein Clover and Design of Clover-Based Redox Sensors.
著者: Campbell, B.C. / Petsko, G.A. / Liu, C.F.
履歴
登録2017年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4472
ポリマ－58,4472
非ポリマー00
水1,58588
1
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2241
ポリマ－29,2241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2241
ポリマ－29,2241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.063, 135.176, 168.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-305-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質


分子量: 29223.703 Da / 分子数: 2
変異: S30R, Y39N, S66X, Y66X, G66X, Q69A, F99S, N105T, Y145F, M153T, V163A, I171V, and T203H
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 % / Mosaicity: 0.451 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 100mM Tris, pH 8.5, 50mM MgCl2, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 23899 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 41.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.447.40.8430.8470.3330.9071.046100
2.44-2.497.50.7280.8650.2870.7841.067100
2.49-2.537.50.640.9130.2520.6881.038100
2.53-2.597.50.6040.9030.2380.6491.06100
2.59-2.647.50.5090.9390.20.5481.074100
2.64-2.77.50.6830.1810.2650.7331.152100
2.7-2.777.50.3490.9670.1370.3751.021100
2.77-2.857.50.2950.9660.1160.3170.991100
2.85-2.937.50.2350.980.0920.2531.04100
2.93-3.027.50.1850.9870.0730.1991.019100
3.02-3.137.50.1370.9920.0540.1470.996100
3.13-3.267.50.1150.9930.0450.1231.013100
3.26-3.417.50.1040.9970.040.1111.024100
3.41-3.587.40.1420.9820.0550.1521.08100
3.58-3.817.40.1270.8790.050.1370.92100
3.81-4.17.40.1050.9550.0410.1131.059100
4.1-4.527.20.0550.9970.0220.0591.052100
4.52-5.177.30.0490.9980.0190.0530.99100
5.17-6.517.20.0540.9970.0220.0581.004100
6.51-506.80.0490.9980.020.0531.0199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QYQ

1qyq


解像度: 2.409→42.147 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 1161 4.86 %Random
Rwork0.193 ---
obs0.1943 23883 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.409→42.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3680 0 0 88 3768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9315086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4031375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004665
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4087-2.51830.2651350.2412740X-RAY DIFFRACTION97
2.5183-2.65110.28191480.23872803X-RAY DIFFRACTION100
2.6511-2.81710.26521410.24492794X-RAY DIFFRACTION100
2.8171-3.03460.25691490.23912804X-RAY DIFFRACTION100
3.0346-3.33990.23431380.19362843X-RAY DIFFRACTION100
3.3399-3.82290.20141590.18452855X-RAY DIFFRACTION100
3.8229-4.81530.17441430.1512876X-RAY DIFFRACTION100
4.8153-42.15370.20891480.19033007X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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