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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wex | ||||||
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タイトル | Discovery of new selenoureido analogs of 4-(4-fluorophenylureido) benzenesulfonamides as carbonic anhydrase inhibitors | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / Carbonic Anhydrase Inhibitors / Metalloenzymes (金属タンパク質) / Glutathione Peroxidase (グルタチオンペルオキシダーゼ) / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.26 Å | ||||||
データ登録者 | Angeli, A. / Tanini, D. / Peat, T.S. / Di Cesare Mannelli, L. / Bartolucci, G. / Capperucci, A. / Ghelardini, C. / Supuran, C.T. / Carta, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017 タイトル: Discovery of New Selenoureido Analogues of 4-(4-Fluorophenylureido)benzenesulfonamide as Carbonic Anhydrase Inhibitors. 著者: Angeli, A. / Tanini, D. / Peat, T.S. / Di Cesare Mannelli, L. / Bartolucci, G. / Capperucci, A. / Ghelardini, C. / Supuran, C.T. / Carta, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wex.cif.gz | 135.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wex.ent.gz | 104.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5wex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5wex | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 241分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-8JS / |
#5: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: concentrated CA II at about 10 mg/mL was set up in SD-2 plates with the following ratio of protein plus reservoir plus seeds: 250nL plus 225 nL plus 25 nL. The plate was incubated at 8C and ...詳細: concentrated CA II at about 10 mg/mL was set up in SD-2 plates with the following ratio of protein plus reservoir plus seeds: 250nL plus 225 nL plus 25 nL. The plate was incubated at 8C and the reservoir condition consisted of 2.9 M ammonium sulfate with 0.1 M Tris buffer at pH 8. 3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→41.1 Å / Num. obs: 63929 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.034 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.28 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.175 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3012 / CC1/2: 0.609 / Rpim(I) all: 0.511 / Rsym value: 1.286 / % possible all: 93.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.26→41.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.297 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.971 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.26→41.1 Å
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拘束条件 |
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