PDB-5wbw: Yeast Hsp104 fragment 1-360

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wbw

タイトル

Yeast Hsp104 fragment 1-360

要素

Heat shock protein 104

Heat shock response

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) /

ATPase (ATPアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

trehalose metabolism in response to heat stress / TRC complex / cellular heat acclimation /

protein folding in endoplasmic reticulum /

post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / stress granule disassembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / nuclear periphery /

ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lee, S.

引用

ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2017
タイトル: Structural determinants for protein unfolding and translocation by the Hsp104 protein disaggregase.
著者: Lee, J. / Sung, N. / Yeo, L. / Chang, C. / Lee, S. / Tsai, F.T.F.

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wbw.cif.gz	406.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wbw.ent.gz	336.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ery-d 2ji5-d 2c0n-1 3tma-d 3s8j-d 6ra4-d 3w40-d 2bmu-d 6hb1-3 4rbs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heat shock protein 104

B: Heat shock protein 104

D: Heat shock protein 104

119 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Heat shock protein 104

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heat shock protein 104

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Heat shock protein 104

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.556, 75.824, 235.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Heat shock protein 104 / Heat shock response / Protein aggregation-remodeling factor HSP104 分子量: 39533.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HSP104, YLL026W, L0948 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31539
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG4000, 50 mM Tris-HCl, 20 mM ammonium citrate / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0396 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0396 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→49.04 Å / Num. obs: 36873 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 64.54 Å² / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.59→2.68 Å / Num. unique obs: 2973 / R_sym value: 0.346 / % possible all: 80.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

解像度: 2.6→46.043 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2859	2587	7.03 %
R_work	0.2374	-	-
obs	0.2408	36797	97.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 272.19 Å² / B_iso mean: 97.7463 Å² / B_iso min: 26.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→46.043 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7862	0	0	24	7886
B_iso mean	-	-	-	71.89	-
残基数	-	-	-	-	1034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7980
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.558	10816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	1275
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.666	2966

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5999-2.6499	0.4437	103	0.3391	1415	1518	73
2.6499-2.704	0.3268	146	0.3116	1875	2021	99
2.704-2.7628	0.3538	163	0.2965	1882	2045	100
2.7628-2.827	0.3973	150	0.3056	1899	2049	100
2.827-2.8977	0.3403	132	0.3044	1947	2079	100
2.8977-2.976	0.3529	151	0.2744	1892	2043	100
2.976-3.0636	0.3405	147	0.2852	1921	2068	100
3.0636-3.1625	0.3223	138	0.2883	1933	2071	100
3.1625-3.2755	0.341	133	0.2969	1913	2046	100
3.2755-3.4066	0.333	128	0.2852	1919	2047	99
3.4066-3.5615	0.3331	139	0.2791	1942	2081	99
3.5615-3.7492	0.3139	161	0.2548	1917	2078	100
3.7492-3.984	0.2838	153	0.2311	1926	2079	100
3.984-4.2914	0.2502	151	0.2184	1923	2074	100
4.2914-4.7229	0.2326	152	0.1975	1956	2108	99
4.7229-5.4054	0.2845	134	0.2205	1972	2106	99
5.4054-6.8067	0.3251	141	0.2423	1972	2113	98
6.8067-46.0498	0.2164	165	0.1764	2006	2171	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8555	0.6609	0.4781	3.9315	0.4769	3.5002	-0.0745	0.2789	-0.0709	-0.1943	0.0963	0.2346	0.2059	0.0025	-0	0.3814	-0.0164	0.0343	0.4627	-0.0594	0.4076	-16.5176	14.9065	-40.0154
2	1.8958	0.0516	0.1328	0.656	-0.5679	0.5205	0.0021	-0.2136	-0.0814	-0.1297	0.0314	0.0472	-0.0323	-0.2382	-0.0002	0.2372	-0.0011	0.0241	0.3954	-0.0618	0.3292	-17.4055	14.6755	-7.2186
3	0.4337	-0.3252	0.2158	2.1902	0.6632	2.7162	-0.0252	-0.1001	-0.089	-0.2363	-0.0263	0.0104	0.3293	0.0641	0	0.2696	-0.0039	0.0405	0.3984	-0.0393	0.3968	-12.7086	10.9611	-7.5161
4	0.1101	-0.0841	0.3073	0.8276	0.4022	0.7654	0.0212	-0.6518	-0.0497	0.3472	-0.0388	-0.4192	0.4192	0.2994	0.0001	0.4916	0.0979	-0.0451	0.7281	0.1379	0.5078	-9.823	7.157	8.5301
5	1.2514	-1.3792	0.4551	1.1779	-0.7343	0.4054	-0.0111	-0.1352	-0.1624	-0.051	0.1997	-0.0155	0.0214	0.3067	-0	0.8319	0.1468	0.0826	0.4674	-0.0392	0.6788	-5.1098	-26.5565	-11.4297
6	0.1282	-0.7113	-0.5274	2.451	-0.9967	2.7362	-0.0113	-0.1132	-0.3296	0.3162	0.2641	0.3694	-0.5349	-0.6386	0.0247	0.8491	0.1331	0.1627	0.4572	0.0573	0.7007	-14.1747	-19.5364	-18.5459
7	1.0837	-0.1461	-0.6369	0.7692	0.4627	0.8765	-0.1987	3.5777	1.7012	-0.5102	0.3489	-1.2219	-0.2377	-0.2942	-0.0119	1.2527	-0.1773	0.0591	1.2963	0.7394	1.699	-5.0663	-22.3058	-54.4559
8	2.2287	0.5326	-1.1695	1.8859	-1.6129	1.1869	-0.2896	0.32	0.35	-0.1306	0.201	0.1146	0.0733	-0.2055	-0.0179	0.5852	-0.0586	-0.1155	0.3748	0.1054	0.4492	-13.9377	-32.2527	-49.3183
9	2.8325	-0.7133	0.4679	4.6866	-0.4991	2.5938	0.0526	-0.1096	0.3887	-0.19	0.1145	-0.5	-0.325	0.3518	0.0005	0.5642	-0.1162	0.0243	0.4993	-0.0768	0.6361	-50.7597	32.7658	-42.3902
10	1.9129	-0.3295	2.0617	2.5231	-0.3462	3.1859	0.4316	0.1864	-0.2276	-0.1988	0.2623	-0.0733	0.7295	-0.1933	0.1469	0.5644	-0.0738	-0.158	0.4473	-0.0829	0.2797	-43.104	2.4923	-23.0533

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 148 )	A	6 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 149 through 217 )	A	149 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 218 through 317 )	A	218 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 318 through 343 )	A	318 - 343
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 89 )	B	6 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 90 through 179 )	B	90 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 180 through 241 )	B	180 - 241
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 242 through 356 )	B	242 - 356
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 4 through 170 )	D	4 - 170
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 171 through 356 )	D	171 - 356

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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