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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wa7 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the influenza virus PA endonuclease in complex with inhibitor 9b (SRI-30101) | ||||||||||||
要素 | Polymerase acidic protein | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Virus (ウイルス) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / Transcription (転写 (生物学)) / Cap-snatching / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kumar, G. / White, S.W. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Protein-Structure Assisted Optimization of 4,5-Dihydroxypyrimidine-6-Carboxamide Inhibitors of Influenza Virus Endonuclease. 著者: Beylkin, D. / Kumar, G. / Zhou, W. / Park, J. / Jeevan, T. / Lagisetti, C. / Harfoot, R. / Webby, R.J. / White, S.W. / Webb, T.R. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wa7.cif.gz | 91.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wa7.ent.gz | 68.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wa7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wa7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wa7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5w3iC 5w44C 5w73C 5w7uC 5w92C 5w9gC 5wa6C 5wapC 5wb3C 5wcsC 5wctC 5wdcC 5wdnC 5wdwC 5we9C 5webC 5wefC 5weiC 5wf3C 5wfmC 5wfwC 5wfzC 5wg9C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23148.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3W5S0 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-KU4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.8, 1.0 M AmSO4, 10 mM MnCl2, 10 mM MgCl2, 1% PVP K15 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 14445 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 60.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.339 / Net I/σ(I): 12.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.204→40.445 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.61
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 175.11 Å2 / Biso mean: 90.8937 Å2 / Biso min: 52.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.204→40.445 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 99 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 489.414 Å / Origin y: 201.547 Å / Origin z: 560.902 Å
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精密化 TLSグループ |
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