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万見
- PDB-5w66: RNA polymerase I Initial Transcribing Complex State 3 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5w66
タイトルRNA polymerase I Initial Transcribing Complex State 3
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase I subunit ...ポリメラーゼ) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...RNAポリメラーゼ) x 5
  • (RNA polymerase I-specific transcription initiation factor ...) x 3
  • RNAリボ核酸
  • non-template strand DNA
  • template strand DNA
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA Polymerase I Core Factor Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I regulatory region DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transposon integration ...RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I regulatory region DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transposon integration / transcription elongation from RNA polymerase I promoter / termination of RNA polymerase I transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA polymerase I activity / regulation of cell size / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / mRNA cleavage / RNA polymerase II, core complex / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / transcription, RNA-templated / ribonucleoside binding / TBP-class protein binding / ポリメラーゼ / promoter-specific chromatin binding / リボソーム生合成 / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / metal ion binding / 細胞質
RNA polymerase, RBP11-like subunit / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon ...RNA polymerase, RBP11-like subunit / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpb5-like / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / Archaeal RpoH /eukaryotic RPB5 RNA polymerase subunit / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6-like / Transcription initiation factor Rrn11, budding yeast / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / DNA-directed RNA polymerase RPB5 subunit, eukaryote/virus / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / RNA polymerase Rpb8 / Nucleic acid-binding, OB-fold / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RPA43, OB domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / Transcription factor S-II (TFIIS) / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / A49-like RNA polymerase I associated factor / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I-specific transcription-initiation factor / Zinc-finger of RNA-polymerase I-specific TFIIB, Rrn7 / RNA polymerase I specific initiation factor / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit N/Rpb10 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerase, Rpb8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase, subunit omega/K/RPB6 / Archaeal RpoK/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RPA43 OB domain in RNA Pol I / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / Transcription initiation factor Rrn11 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3390
DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 ...DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Han, Y. / He, Y.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
Northwestern UniversityCornew Innovation Award 米国
American Cancer SocietyIRG-15-173-21 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NCI 5K22CA184235 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIGMS GM110387 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1149521 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural mechanism of ATP-independent transcription initiation by RNA polymerase I.
著者: Yan Han / Chunli Yan / Thi Hoang Duong Nguyen / Ashleigh J Jackobel / Ivaylo Ivanov / Bruce A Knutson / Yuan He /
要旨: Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a ...Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a structure of Pol I-CF-DNA to 3.8 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy. The structure reveals a bipartite architecture of Core Factor and its recognition of the promoter from -27 to -16. Core Factor's intrinsic mobility correlates well with different conformational states of the Pol I cleft, in addition to the stabilization of either Rrn7 N-terminal domain near Pol I wall or the tandem winged helix domain of A49 at a partially overlapping location. Comparison of the three states in this study with the Pol II system suggests that a ratchet motion of the Core Factor-DNA sub-complex at upstream facilitates promoter melting in an ATP-independent manner, distinct from a DNA translocase actively threading the downstream DNA in the Pol II PIC.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Data processing / Derived calculations / カテゴリ: em_software / pdbx_struct_assembly
Item: _em_software.name / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.22018年5月23日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-8776
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190
B: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135
C: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
D: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
M: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
N: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34
O: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
P: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7
Q: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
R: RNA
S: non-template strand DNA
T: template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)846,21026
ポリマ－845,81820
非ポリマー3926
水0
1


タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area112180 Å2
ΔGint-633 kcal/mol
Surface area253780 Å2

-
要素

+
DNA-directed RNA polymerase I subunit ... , 7種, 7分子 ABDGIMN

#1: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / ポリメラーゼ / DNA-directed RNA polymerase I 190 kDa polypeptide / A190 / DNA-directed RNA polymerase I largest subunit


分子量: 186676.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10964, ポリメラーゼ
#2: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / ポリメラーゼ / DNA-directed RNA polymerase I 135 kDa polypeptide / A135 / DNA-directed RNA polymerase I ...DNA-directed RNA polymerase I 135 kDa polypeptide / A135 / DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2 / RNA polymerase I subunit 2


分子量: 135910.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22138, ポリメラーゼ
#4: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / ポリメラーゼ / A14 / DNA-directed RNA polymerase I 14 kDa polypeptide


分子量: 14599.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P50106
#7: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / ポリメラーゼ / A43 / DNA-directed DNA-dependent RNA polymerase 36 kDa polypeptide


分子量: 36264.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P46669
#9: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / ポリメラーゼ / A12 / A12.2 / DNA-directed RNA polymerase I 13.7 kDa polypeptide


分子量: 13676.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32529
#13: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / ポリメラーゼ / A49 / DNA-directed RNA polymerase I 49 kDa polypeptide


分子量: 46721.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q01080
#14: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / ポリメラーゼ / A34 / DNA-directed DNA-dependent RNA polymerase 34.5 kDa polypeptide / A34.5


分子量: 26933.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47006

+
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK

#3: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / C37 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa polypeptide / C40


分子量: 37732.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07703
#11: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III 16 kDa ...RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III 16 kDa polypeptide / RPA19


分子量: 16167.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28000

+
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 kDa polypeptide


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20434
#6: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 kDa polypeptide


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20435
#8: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.5 kDa polypeptide


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20436
#10: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 8.3 kDa polypeptide


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22139
#12: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40422

+
RNA polymerase I-specific transcription initiation factor ... , 3種, 3分子 OPQ

#15: タンパク質・ペプチド RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6


分子量: 100690.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRN6, YBL014C, YBL0311, YBL0312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32786
#16: タンパク質・ペプチド RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7


分子量: 60435.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRN7, YJL025W, J1273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40992
#17: タンパク質・ペプチド RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11


分子量: 59334.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRN11, YML043C, YM9827.09C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04712

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 ST

#19: DNA鎖 non-template strand DNA


分子量: 16803.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#20: DNA鎖 template strand DNA


分子量: 16360.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
RNA鎖 / Non-polymers , 2種, 7分子 R

#18: RNA鎖 RNA / リボ核酸


分子量: 1915.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#21: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION / 亜鉛


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

+
詳細

配列の詳細DUE TO LOW RESOLUTION THE SEQUENCE CORRESPONDING TO UNK SEGMENT COULD NOT BE MODELED

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 3
タイプ: COMPLEX
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20
由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil S7/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 22500 X / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ冷却材: NITROGEN / モデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均照射時間: 12 sec. / 電子線照射量: 56.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2Leginon3.1画像取得
4Gctf0.5CTF補正
7NAMD2.8モデルフィッティングMDFF flexible fitting
8UCSF Chimera1.11.2モデルフィッティングrigid body fitting
10Coot0.8.8モデル精密化
11PHENIX1.10.1モデル精密化
12RELION2初期オイラー角割当
13RELION2最終オイラー角割当
14RELION2分類
15RELION2３次元再構成
CTF補正詳細: CTF amplitude correction was performed following 3D auto refinement in relion.
タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26913 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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