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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w66 | ||||||||||||||||||
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タイトル | RNA polymerase I Initial Transcribing Complex State 3 | ||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transposon integration ...RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transposon integration / transcription elongation from RNA polymerase I promoter / termination of RNA polymerase I transcription / termination of RNA polymerase III transcription / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Han, Y. / He, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanism of ATP-independent transcription initiation by RNA polymerase I. 著者: Yan Han / Chunli Yan / Thi Hoang Duong Nguyen / Ashleigh J Jackobel / Ivaylo Ivanov / Bruce A Knutson / Yuan He / ![]() 要旨: Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a ...Transcription initiation by RNA Polymerase I (Pol I) depends on the Core Factor (CF) complex to recognize the upstream promoter and assemble into a Pre-Initiation Complex (PIC). Here, we solve a structure of Pol I-CF-DNA to 3.8 Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy. The structure reveals a bipartite architecture of Core Factor and its recognition of the promoter from -27 to -16. Core Factor's intrinsic mobility correlates well with different conformational states of the Pol I cleft, in addition to the stabilization of either Rrn7 N-terminal domain near Pol I wall or the tandem winged helix domain of A49 at a partially overlapping location. Comparison of the three states in this study with the Pol II system suggests that a ratchet motion of the Core Factor-DNA sub-complex at upstream facilitates promoter melting in an ATP-independent manner, distinct from a DNA translocase actively threading the downstream DNA in the Pol II PIC. | ||||||||||||||||||
構造検証レポート | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmcif形式 | ![]() ![]() ![]() |
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PDB形式 | ![]() ![]() |
PDBML Plus | ![]() |
その他 | ![]() |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8776CM ![]() 8771C ![]() 8772C ![]() 8773C ![]() 8774C ![]() 8775C ![]() 8777C ![]() 5w5yC ![]() 5w64C ![]() 5w65C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似形状データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+DNA-directed RNA polymerase I subunit ... , 7種, 7分子 ABDGIMN
+DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK
+DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
+RNA polymerase I-specific transcription initiation factor ... , 3種, 3分子 OPQ
+DNA鎖 , 2種, 2分子 ST
+RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 7分子 R

+詳細
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: RNA Polymerase I Initial Transcribing Complex State 3 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.9 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 冷却剤: NITROGEN / モデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均照射時間: 12 sec. / 電子線照射量: 56.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | 詳細: CTF amplitude correction was performed following 3D auto refinement in relion. タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26913 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |