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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vzn | ||||||
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タイトル | Wild-type sperm whale myoglobin with nitric oxide | ||||||
要素 | Myoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / Heme / Myoglobin / nitrosyl / nitric oxide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
Model details | This stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale ...This stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale myoglobin ferric H64A and N-hydroxyamphetamine. | ||||||
データ登録者 | Wang, B. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018 タイトル: Nitrosyl Myoglobins and Their Nitrite Precursors: Crystal Structural and Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Theoretical Investigations of Preferred Fe -NO Ligand Orientations in ...タイトル: Nitrosyl Myoglobins and Their Nitrite Precursors: Crystal Structural and Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Theoretical Investigations of Preferred Fe -NO Ligand Orientations in Myoglobin Distal Pockets. 著者: Wang, B. / Shi, Y. / Tejero, J. / Powell, S.M. / Thomas, L.M. / Gladwin, M.T. / Shiva, S. / Zhang, Y. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vzn.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vzn.ent.gz | 34.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vzn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vzn_validation.pdf.gz | 831.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vzn_full_validation.pdf.gz | 833.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5vzn_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vzn_validation.cif.gz | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vzn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5ut7C 5ut8C 5ut9C 5utaC 5utbC 5utcC 5utdC 5vzoC 5vzpC 5vzqC 6cf0C 2mbwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17365.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 |
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-非ポリマー , 6種, 169分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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#3: 化合物 | ChemComp-NO / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-NO2 / |
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris-Hcl, 1 mM EDTA, pH 7.4 2.56 M Ammonium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月14日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→26.42 Å / Num. obs: 11177 / % possible obs: 80.5 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 30.1 / Num. measured all: 27315 / Scaling rejects: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2MBW 解像度: 1.7→26.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.889 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.13 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.97 Å2 / Biso mean: 15.596 Å2 / Biso min: 8.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→26.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.701→1.745 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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