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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vsu | ||||||||||||
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タイトル | Structure of yeast U6 snRNP with 2'-phosphate terminated U6 RNA | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / Lsm2-8 spliceosome U6 Prp24 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / snRNA binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / P-body assembly / spliceosomal tri-snRNP complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / snRNA binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / P-body assembly / spliceosomal tri-snRNP complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome / tRNA processing / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / maturation of SSU-rRNA / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / P-body / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / ribonucleoprotein complex / 核小体 / RNA binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Montemayor, E.J. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Architecture of the U6 snRNP reveals specific recognition of 3'-end processed U6 snRNA. 著者: Montemayor, E.J. / Didychuk, A.L. / Yake, A.D. / Sidhu, G.K. / Brow, D.A. / Butcher, S.E. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vsu.cif.gz | 251.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vsu.ent.gz | 193.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vsu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/5vsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/5vsu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 BCDEFGH
#2: タンパク質 | 分子量: 11453.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38203 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 10314.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57743 |
#4: タンパク質 | 分子量: 10902.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM4, SDB23, USS1, YER112W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40070 |
#5: タンパク質 | 分子量: 10708.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM5, YER146W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40089 |
#6: タンパク質 | 分子量: 9550.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM6, YDR378C, D9481.18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06406 |
#7: タンパク質 | 分子量: 13302.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM7, YNL147W, N1202, N1780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53905 |
#8: タンパク質 | 分子量: 12547.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM8, YJR022W, J1464, YJR83.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47093 |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AI
#1: タンパク質 | 分子量: 51998.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP24, YMR268C, YM8156.10C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49960 |
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#9: RNA鎖 | 分子量: 26695.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1039023528 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2 M NH4F 0.1 M HEPES pH 7.4 0.01 M MgCl2 18 % PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→96.723 Å / Num. obs: 27164 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 51.2 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / 冗長度: 47.7 % / Rmerge(I) obs: 4.031 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→96.723 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 36.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→96.723 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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