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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v5f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RICE1 (PNT2) | ||||||
要素 | At3g11770 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / mi-RNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exoribonuclease II / exoribonuclease II activity / RISC complex binding / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 液胞 / vacuolar membrane / positive regulation of miRNA metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / : ...exoribonuclease II / exoribonuclease II activity / RISC complex binding / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 液胞 / vacuolar membrane / positive regulation of miRNA metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / : / nucleic acid binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.945 Å | ||||||
データ登録者 | Li, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: RISC-interacting clearing 3'- 5' exoribonucleases (RICEs) degrade uridylated cleavage fragments to maintain functional RISC in Arabidopsis thaliana. 著者: Zhang, Z. / Hu, F. / Sung, M.W. / Shu, C. / Castillo-Gonzalez, C. / Koiwa, H. / Tang, G. / Dickman, M. / Li, P. / Zhang, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v5f.cif.gz | 250.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5v5f.ent.gz | 206.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v5f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/5v5f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22980.170 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: F26K24.6, At3g11770, AXX17_At3g11710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SF21 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 7.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.08 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 30% pentaerylthritol proxylate (5/4 PO/OH), 0.2 M KCl, 50 mM HEPES. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.945→50 Å / Num. obs: 42979 / % possible obs: 0.998 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 20.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.945→49.963 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.1
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.945→49.963 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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