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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u1t | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae separase-securin complex at 2.6 angstrom resolution | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / separase-securin complex / ESP1 (セパラーゼ) / PDS1 / chromosome segregation / cohesion / helical region / inhibition (酵素阻害剤) / chaperon | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of metaphase/anaphase transition of meiotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / セパラーゼ / negative regulation of protein localization to nucleolus / negative regulation of exit from mitosis / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic chromosome separation / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle pole body ...positive regulation of metaphase/anaphase transition of meiotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / separase-securin complex / セパラーゼ / negative regulation of protein localization to nucleolus / negative regulation of exit from mitosis / regulation of mitotic spindle elongation / meiotic chromosome separation / positive regulation of exit from mitosis / mitotic spindle pole body / 減数分裂 / 相同組換え / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / mitotic sister chromatid segregation / molecular function activator activity / protein localization / 紡錘体 / spindle / 細胞分裂 / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / DNA damage response / enzyme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Luo, S. / Tong, L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Molecular mechanism for the regulation of yeast separase by securin. 著者: Luo, S. / Tong, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u1t.cif.gz | 327.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u1t.ent.gz | 257.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u1t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/5u1t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 184044.469 Da / 分子数: 1 断片: UNP residues 71-1630, helical domain and catalytic domain 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ESP1, YGR098C / プラスミド: pFL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five Cell / 参照: UniProt: Q03018, セパラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13366.599 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 258-373, separase interaction segment / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PDS1, YDR113C, YD9727.08C / プラスミド: pFL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five Cell / 参照: UniProt: P40316 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 0.25 M Na/K-phosphate (pH 6.0) and 14% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月18日 / 詳細: DECTRIS PILATUS 6M-F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 77491 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 62.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 1.06 / Net I/av σ(I): 14.42 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 774372 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5U1S 解像度: 2.6→48.667 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.01
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.36 Å2 / Biso mean: 72.031 Å2 / Biso min: 35.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→48.667 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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